Automatização do processo de obtenção das conformações mais estáveis para pentoses por métodos ab initio

• Ano de defesa: 2014
• Autor(a) principal: Alves, Leandro Guilherme
• Orientador(a): Silva, Clarissa Oliveira da
• Banca de defesa: Silva, Clarissa Oliveira da, Barbosa, André Gustavo Horta, Magalhães, Carnila Silva de
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro
• Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Modelagem Matemática e Computacional
• Departamento: Instituto de Ciências Exatas
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: Conformações; D-ribose; Ab initio
• Palavras-chave em Inglês: Conformations
• Área do conhecimento CNPq: Matemática
• Link de acesso: https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/14323

Carboidratos são moléculas com grande versatilidade configuracional e conformacional. Em estudos teóricos, o ordenamento energético destas formas distintas é fundamental, para a devida identificação das conformações mais estáveis. Basicamente duas abordagens teóricas são utilizadas: descrições clássicas e quanto-mecânicas para estes sistemas, cada qual possuindo suas conveniências e inadequações. Neste trabalho, realizou-se a amostragem conformacional para a molécula de D-ribose. Foram consideradas todas as orientações mais prováveis dos grupos hidroxila, para os dois anômeros  e das duas formas cadeira reconhecidamente mais estáveis 1C4 e 4C1. Um total de 324 possibilidades conformacionais foi investigado. Dentre estas, somente 78 conformações termodinamicamente estáveis foram obtidas. Dois métodos teóricos foram utilizados B3LYP/6-31+G(d,p) e MP2/6-31+G(d,p). Os resultados obtidos foram bastante concordantes para os dois métodos. Um programa para construção das coordenadas geométricas iniciais foi desenvolvido, para automatizar a construção dos arquivos de entrada com as coordenadas das possibilidades conformacionais a serem investigadas. Os resultados deste procedimento mostraram-se superiores àqueles de amostragens que utilizaram métodos clássicos como abordagem para gerar conformações iniciais para cálculos quânticos, pois mais conformações foram identificadas.