Desenvolvimento de ferramentas moleculares para identificação de variantes genotípicas do vírus causador da Síndrome da Mancha Branca em camarões

• Ano de defesa: 2018
• Autor(a) principal: Pereira, Jéssica Marina de Paiva
• Orientador(a): Lanza, Daniel Carlos Ferreira
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Programa de Pós-Graduação: PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOQUÍMICA
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: WSSV; ORF94; ORF75; ORF125; Genotipagem; VNTR
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA
• Link de acesso: https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/26856

A região nordeste é responsável por mais de 90% do camarão produzido no Brasil compreendendo os dois maiores produtores, os estados do Ceará e do Rio Grande do Norte. O vírus causador da síndrome da mancha branca (WSSV) tem sido considerado um dos principais desafios enfrentados pela carcinicultura global nas últimas décadas. Apesar de ser o maior problema enfretando pela carcinicultura brasileira na atualidade, o status epidemiológico e a variabilidade genética do WSSV foram pouco estudados no Brasil até o momento. A variabilidade genética do WSSV tem sido investigada em diferentes regiões do mundo, principalmente em estudos de dispersão viral e em tentativas de correlacionar genótipo e virulência. Essa variabilidade é acessada principalmente por meio de regiões variáveis presentes nas inserções entre as ORFs 23/24 e 14/15, e de repetições em tandem de número variável (VNTRs) que ocorrem nas ORFs 75, 94 e 125. Os primers usados para genotipar o WSSV com base nessas regiões foram descritos há pelo menos dez anos, e alguns não funcionam eficientemente para genotipar novas variantes do WSSV incluindo as que ocorrem no Brasil. No presente trabalho, foi desenvolvido um novo set de primers para amplificação das regiões variáveis no genoma do WSSV por PCR, baseados em alinhamentos de todas as sequências disponíveis até o momento nos bancos de dados públicos. Os novos primers foram sintetizados, e novas reações de PCR foram padronizadas, tendo sua eficiência comparada com protocolos e primers anteriormente descritos. Os novos primers foram utilizados em um estudo epidemiológico piloto, em que amostras de camarão foram coletadas em fazendas localizadas ao longo da costa do Rio Grande do Norte. A prevalência do WSSV foi de 58%, 100% e 60% nas fazendas investigadas nas regiões sul, central e norte do estado respectivamente. As amostras com maior carga viral foram genotipadas. O novo conjunto de primers se mostrou mais eficiente em comparação com os primers já descritos, permitindo genotipar maior número de amostras. Os resultados indicam que a prevalência do WSSV no estado do Rio Grande do Norte estava alta no período em que foram coletadas as amostras, e que a variabilidade genética do WSSV no estado é baixa, tendo sido obsevada principalmente no marcador ORF94. Os resultados permitiram ainda observar algumas evidências de que eventos de recombinação genética podem ter originado os isolados Brasileiros do WSSV.