Desenvolvimento de marcadores microssatélites: painel de primers para Leiarius marmoratus através de sequenciamento de próxima geração.

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: COSTA, Dárcia Gabriela Borcem da
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: UFRA - Campus Belém
• Palavras-chave em Português: Leiarius marmoratus; Bagre; Genoma; Jundiá-da-Amazônia; Marcador microssatélite; Sequenciamento genético
• Link de acesso: http://repositorio.ufra.edu.br/jspui/handle/123456789/2272

A Leiarius marmoratus, denominada popularmente como “jundiá-da-amazônia”, apresenta grande potencial aquícola em programas de melhoramento genético para aumento de desempenho zootécnico relacionado ao vigor híbrido. Estações de piscicultura têm explorado comercialmente o híbrido “pintado-da-amazônia” obtido pelo cruzamento fêmea Pseudoplatystoma punctifer x macho Leiarius marmoratus. Desse modo, investigações genômicas são cruciais para maior exploração de L. marmoratus para desenvolvimento de pacotes tecnológicos. Assim, objetivou-se desenvolver marcadores microssatélites e desenho de primers para L. marmoratus como ferramenta para estudos populacionais e de melhoramento genético. Inicialmente, amostra de DNA de alto peso molecular foi submetida ao sequenciamento de nova geração pela plataforma Illumina, utilizando o sistema HiSeqTM. O produto do sequenciamento foi avaliado pelo programa FastQC, a filtragem de dados foi realizada para controle de qualidade utilizando o trimommetc. A montagem de novo do genoma realizada nos programas SOAPdenovo2 e SPADES, cuja qualidade dos produtos gerados foi verificada pelo programa QUAST. Para identificação dos marcadores microssatélites, foi utilizado o software MISA e o software EasySSR, por fim foi utilizado o BatchPrimer3 para o desenho de primers com os parâmetros deflow do programa. Diante disso, foi obtido uma montagem com 225.027 contigs, um total de 221.273 motivos de SSRS identificados pelo MISA, com maior frequência de pentanucleotídeos, se diferenciando do programa EasySSR que obteve 145.601 microssatélites, com predominância de dinucleotídeos, obtendo também 590 pares primers bem-sucedidos. Comprovando a excelente utilidade de metodologias moleculares, para a obtenção de ferramentas biotecnológicas como os SSRs, contribuindo em estudos de genética de populações, no controle da variabilidade genética, mapeamento, análise genômica e comparativa.