Detalhes bibliográficos
| Ano de defesa: |
2015 |
| Autor(a) principal: |
Garcia, Verônica Hammes |
| Orientador(a): |
Piedras, Sérgio Renato Noguez |
| Banca de defesa: |
Não Informado pela instituição |
| Tipo de documento: |
Dissertação
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| Tipo de acesso: |
Acesso aberto |
| Idioma: |
por |
| Instituição de defesa: |
Universidade Federal de Pelotas
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| Programa de Pós-Graduação: |
Programa de Pós-Graduação em Zootecnia
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| Departamento: |
Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel
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| País: |
Brasil
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| Palavras-chave em Português: |
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| Área do conhecimento CNPq: |
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| Link de acesso: |
http://guaiaca.ufpel.edu.br/handle/prefix/8922
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Resumo: |
No Brasil existe uma rica diversidade de peixes, porém, pouco se conhece sobre a biologia das diferentes espécies. A Viola – Loricariichthys anus – é uma espécie nativa do sul da América do Sul que possui grande potencial econômico e que necessita de uma grande atenção em relação à conservação. Os marcadores microssatélites são uma ótima ferramenta para o estudo genético, conservação e melhoramento genético de peixes, ainda mais com as tecnologias de nova geração de sequenciamento, que diminuem os custos e otimizam o tempo e os resultados. O objetivo do trabalho foi identificar loci microssatélites para a espécie não-modelo L. anus para posteriormente conhecer como a espécie está e se comporta geneticamente. A extração de DNA foi realizada pelo protocolo de extração de sílica de vidro modificada. Uma biblioteca genômica shotgun paired-end foi preparada através do protocolo Kit Illumina Nextera DNA Library, sendo então sequenciada em um sequenciador MiSeq Illumina e as 1.103.580 leituras obtidas foram analisadas no programa PAL_FINDER_V0.02.03 a fim de reconhecer os marcadores microssatélites. Foram obtidos 444 loci microssatélites potencialmente amplificáveis (PALs), dos quais 161 eram de dinucleotídeos, 65 de trinucleotídeos, 170 de tetranucleotídos, 32 de pentanucleotídeos e 16 de hexanucleotídeos. Um grupo de doze loci foram escolhidos para validação através da técnica de PCR, destes 6 foram amplificados – quatro dinucleotídeos e dois tetranucleotídeos. Contudo, podemos definir que a estratégia de sequenciamento através de biblioteca shotgun paired-end da plataforma MiSeq (Illumina) apresentou-se eficaz mesmo apresentando um baixo número de PALs quando comparado a outros trabalhos, além de ser rápida e de baixo custo, quando comparada a técnicas antigas, para desenvolver marcadores microssatélites para espécies não modelo como a viola. |
