Identificação de Loci microssatélites em Viola - Loricariichthys anus (Valenciennes, 1840). - Garcia, Verônica Hammes (2015)
No Brasil existe uma rica diversidade de peixes, porém, pouco se conhece sobre a biologia das diferentes espécies. A Viola – Loricariichthys anus – é uma espécie nativa do sul da América do Sul que possui grande potencial econômico e que necessita de uma grande atenção em relação à conservação. Os marcadores microssatélites são uma ótima ferramenta para o estudo genético, conservação e melhoramento genético de peixes, ainda mais com as tecnologias de nova geração de sequenciamento, que diminuem os custos e otimizam o tempo e os resultados. O objetivo do trabalho foi identificar loci microssatélites para a espécie não-modelo L. anus para posteriormente conhecer como a espécie está e se comporta geneticamente. A extração de DNA foi realizada pelo protocolo de extração de sílica de vidro modificada. Uma biblioteca genômica shotgun paired-end foi preparada através do protocolo Kit Illumina Nextera DNA Library, sendo então sequenciada em um sequenciador MiSeq Illumina e as 1.103.580 leituras obtidas foram analisadas no programa PAL_FINDER_V0.02.03 a fim de reconhecer os marcadores microssatélites. Foram obtidos 444 loci microssatélites potencialmente amplificáveis (PALs), dos quais 161 eram de dinucleotídeos, 65 de trinucleotídeos, 170 de tetranucleotídos, 32 de pentanucleotídeos e 16 de hexanucleotídeos. Um grupo de doze loci foram escolhidos para validação através da técnica de PCR, destes 6 foram amplificados – quatro dinucleotídeos e dois tetranucleotídeos. Contudo, podemos definir que a estratégia de sequenciamento através de biblioteca shotgun paired-end da plataforma MiSeq (Illumina) apresentou-se eficaz mesmo apresentando um baixo número de PALs quando comparado a outros trabalhos, além de ser rápida e de baixo custo, quando comparada a técnicas antigas, para desenvolver marcadores microssatélites para espécies não modelo como a viola.