Detalhes bibliográficos
| Ano de defesa: |
2017 |
| Autor(a) principal: |
Souza, Juliana Sacramento Mota de |
| Orientador(a): |
Cunha, Joana Paixão Monteiro |
| Banca de defesa: |
Franco, Glória Regina,
Cunha, Antônio Ricardo Khouri |
| Tipo de documento: |
Dissertação
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| Tipo de acesso: |
Acesso aberto |
| Idioma: |
por |
| Instituição de defesa: |
Instituto de Ciências da Saúde
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| Programa de Pós-Graduação: |
Programa Multicêntrico de Pós-Graduação em Bioquímica e Biologia Molecular
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| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
brasil
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| Palavras-chave em Português: |
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| Área do conhecimento CNPq: |
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| Link de acesso: |
http://repositorio.ufba.br/ri/handle/ri/23516
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Resumo: |
O Vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV-1) possui uma ampla variabilidade genética. Esta diversidade é representada pelos quatro grupos, pelos nove subgrupos do grupo M e também pelas formas recombinantes destes vírus. Dentre estes, os recombinantes BF tem se destacado pela alta dispersão global concomitante com o aumento em número e diversidade. Atualmente quatorze formas recombinantes circulantes (CRFs) BF e inúmeras formas recombinantes únicas BF (URFs) foram descritas. O objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização molecular e geográfica de isolados virais recombinantes BF do HIV- 1. Para tal, sequências e informações de genomas completos de recombinantes BF do HIV foram coletadas dos bancos de dados NCBI e Los Alamos. Posteriormente foram realizadas a caracterização destas sequências, análises filogenéticas, de recombinação e da alça V3 da proteína glicoproteína 120 (gp120), além de busca por assinaturas nucleotídicas e predição do coreceptor de entrada viral. Foram encontradas 252 sequências de genoma completo (>7000 pb) de recombinantes BF do HIV oriundas de treze países diferentes, sendo a maioria delas provenientes de pacientes brasileiros (52,8%). Seis sequências previamente caraterizadas como recombinantes BF, foram reclassificadas como subtipo B puro. Algumas sequências formaram agrupamentos monofiléticos com as CRFs já descritas e, portanto, sugere-se a reclassificação das mesmas. Dentre as sequências avaliadas foram encontrados 114 padrões distintos de recombinação. A maioria das sequências apresenta recombinação na região pol (81%; 205/252), seguido das regiões gag (68%; 172/252) e env (54%; 137/252) sendo encontrado na região tat a menor taxa de recombinação (7%; 17/252). Enquanto em todos os outros genes acessórios e regulatórios predominou o genótipo B, em vif, o subtipo F prevaleceu (38%; 96/252). Além disso, foram identificados dois hotspots entre as sequências analisadas: um encontrado em 35 sequências (13,9%) na região entre as posições 5360 – 5390 do gene acessório vif e outro em torno da posição 9356 da região nef (11% das sequências). Foram identificadas assinaturas nucleotídicas conservadas exclusivas para cada CRF_BF descrita. As mutações mais frequentes foram encontradas na região da transcriptase reversa foram M41L (NRTIs) e K100N (NNRTIs). De maneira geral, as mutações encontradas nestas sequências conferem resistência a diversos fármacos sendo que as maiores taxas de resistência foram encontradas para os antirretrovirais Atazanavir, Saquinavir, Nevirapina, Zidovudina, Estavudina, Didanosina e Emtricitabina. A predição de uso de coreceptor viral mostrou estes recombinantes utilizam preferencialmente o coreceptor CCR5 (67,5%) sendo que a CRF42 utiliza exclusivamente este coreceptor, enquanto todas as sequências da CRF39 foram classificadas como R5X4/X4. Os tetrapeptídeos mais frequentes encontrados na alça V3 foram GPGR (49,4%), GPGQ (20%), APGR (6,7%), GPGK (5,1%), GWGR (4,3%) e GPGG (2%). Além disso, as sequências com o motivo GPGQ e APGR são preferencialmente classificadas como R5 e contem o subtipo F na região da alça V3. Pode-se observar que há uma grande diversidade dos padrões de recombinação evidenciando que a recombinação entre os subtipos B e F é frequente. |
