Caracterização molecular dos genótipos C, F1 e BC do Vírus da Imunodeficiência Humana tipo 1 (HIV-1) circulantes na região Nordeste do Brasil - análise da dispersão e história evolutiva.

• Ano de defesa: 2023
• Autor(a) principal: Oliveira, Rodrigo Cunha
• Orientador(a): Cunha, Joana Paixão Monteiro
• Banca de defesa: Cunha, Joana Paixão Monteiro , Pimentel, Victor Figueiredo , Haddad, Simone Kashima , Carneiro, Fabiana Avila , Silva, Márcia Barbosa da
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal da Bahia
• Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação Multicêntrico em Bioquímica e Biologia Molecular (PMBqBM)
• Departamento: Instituto de Ciências da Saúde - ICS
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: HIV-1; AIDS; Subtipo C; Subsubtipo F1; Recombinante BC; Evolução Viral
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
• Link de acesso: https://repositorio.ufba.br/handle/ri/37343

INTRODUÇÃO: O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) é o agente etiológico da Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (AIDS), doença ainda sem vacina e sem cura. O HIV-1 apresenta uma extensa variabilidade genética e no Brasil, os subtipos B, C e o subsubtipo F1 são os genótipos prevalentes nas infecções. São detectados também recombinantes intersubtipos como BC e BF1. Os subtipos não-B tem aumentando sua frequência no território brasileiro. OBJETIVO: Identificar isolados virais não-B do HIV- 1 (subtipo C, subsubtipo F1 e recombinante BC) na Bahia e analisar a rota de dispersão e características genotípicas e moleculares. MATERIAL E MÉTODOS: Foi realizada a coleta de sangue total de pessoas vivendo com HIV/AIDS acompanhadas pelo Hospital Universitário Professor Edgard Santos. O DNA genômico foi extraído e sequenciado pelo método de Sanger. Os genomas foram montados no programa computacional GENEIOUS. Alinhamentos de referência foram gerados a partir de sequências disponíveis no banco de dados Los Alamos e foram analisados em programas de Bioinformática. RESULTADOS: A partir da coleta de amostras foram obtidas 5 sequências do subtipo C, 19 sequências BF1 e F1 e 1 recombinante BC. As análises de filodinâmica estimam que o subsubtipo F1 alcançou o território brasileiro por volta da década de 70. O subtipo C alcançou a região Nordeste do país por volta de 1985, a partir das regiões Sul, Sudeste e Centro-oeste e os isolados do subtipo C encontrados na Bahia, descendem da linhagem encontrada na região Sul. A amostra BC de nossa coorte apresentou ponto de recombinação comum a de outras recombinantes brasileiras. A caracterização dos genomas BC do mundo revelou pontos preferencias de recombinação, com fragmento B conservado nos genes pol, env e nef. As análises de caracterização molecular das sequências quase completas do subtipo C, local e mundial, sugere que a maioria das cepas apresentem uma baixa capacidade replicativa. CONCLUSOES: Os isolados do subsubtipo F1 que circulam no Brasil pertencem a uma linhagem única, que descende do centro-oeste da África. O subtipo C encontrado na região Nordeste e estado da Bahia descende da região Sul e circula na região Nordeste desde 1985. O novo padrão da sequência BC pode representar uma nova CRF. Os resultados das análises das cepas BC revelam que características do subtipo B são mantidas nas progenies BC, podendo favorecer vantagens adaptativas. Os resultados das análises do subtipo C puro indicam que as características moleculares apresentadas parecem favorecer sua transmissão.