Estudo longitudinal de clonalidade em amostras do Complexo Burkholderia cepacia isoladas de indivíduos com Fibrose Cística com colonização crônica das vias aéreas

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Vianna, Edgard de Freitas
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade do Estado do Rio de Janeiro; Centro Biomédico::Faculdade de Ciências Médicas; Brasil; UERJ; Programa de Pós-Graduação em Microbiologia
• Palavras-chave em Português: Complexo Burkholderia cepacia - Genética; Fibrose cística - Complicações; Sequenciamento do gene recA; Infecções por Burkholderia - Epidemiologia; Matrix Associated Laser Desorption-Ionization - Time of Flight Mass Spectrometry; Burkholderia cepacia complex; Cystic fibrosis; recA gene sequencing; CIENCIAS BIOLOGICAS::MICROBIOLOGIA
• Link de acesso: http://www.bdtd.uerj.br/handle/1/22706

A fibrose cística (FC) é uma doença hereditária, multissistêmica, associada a infecção crônica e declínio da função pulmonar. A colonização crônica por cepas do Complexo Burkholderia cepacia (CBc) está associada a alta transmissibilidade, virulência e resistência a múltiplos antimicrobianos, levando a um pior prognóstico. O contínuo monitoramento dessas cepas estão diretamente relacionas as práticas de prevenção e controle de infecções. O objetivo deste trabalho foi avaliar a similaridade genética em amostras do CBc recuperadas de pacientes com FC com colonização crônica das vias aéreas, provenientes de dois centros de referência no Rio de Janeiro. O sequenciamento do gene recA e MALDI-TOF MS foram utilizados para identificação das espécies. A avaliação de clones e agrupamentos foi realizada através da técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) e de produtos gerados pela espectrometria de massa, respectivamente. O método de difusão em ágar foi usado para determinação da sensibilidade a meropenem, minociclina, sulfametoxazol+trimetoprima (SXT) e ceftazidima. A única amostra recuperada de sítio extra pulmonar (abscesso hepático) foi submetida ao Sequenciamento de Nova Geração (SNG). Um total de 111 amostras coletadas no período de janeiro de 2010 a fevereiro de 2018 foram analisadas. B. vietnamiensis (n=48/43,24%), B. cenocepacia IIIA (n=29/26,12%), B. cenocepacia IIIB (n=17/15,31%), B. multivorans (n=13/11,71%), B. contaminans (n=2/1,8%) e apenas uma (0,9%) amostra de B. cepacia e B. stabilis, foram identificadas pelo sequenciamento do gene recA. MALDI-TOF MS identificou 100% das amostras a nível de gênero e 63,95% a nível de espécie. Considerando a minoração do ponto de corte para ≥ 1.700, 98 isolados (88,28%) foram identificados a nível de espécie. Como ferramenta para tipificação, MALDI-TOF MS apresentou maior poder discriminatório comparativamente ao PFGE, entretanto apresentou agrupamentos de diferentes espécies no mesmo perfil. A partir do PFGE foram caracterizados 78 pulsotipos e as espécies que apresentaram maior número de pulsotipos foram B. vietnamiensis e B. cenocepacia IIIA. Apenas dois pulsotipos de B. cenocepacia IIIA foram compartilhados entre os pacientes. Dos seis pacientes que foram selecionados para análise longitudinal, a maioria apresentou colonização por diferentes espécies do CBc e pulsotipos variados, da mesma forma, nos pacientes colonizados por uma única espécie, pulsotipos variados também foram observados. Setenta e uma amostras (63,96%) apresentaram resistência a pelo menos um marcador antimicrobiano testado, destacando-se o SXT (100%). Nenhuma amostra selecionada apresentou produto de amplificação compatível ao gene sul1. A partir da análise do SNG, a amostra do abscesso hepático foi caracterizada como sendo ST-28 (ET12), sendo a primeira descrição deste ST no Brasil. Além disso, foram caracterizados os fatores de resistência, virulência e elementos genéticos móveis. Os resultados indicaram que MALDI-TOF MS é útil na identificação a nível de gênero, mas requer melhorias que permitam uma identificação mais precisa a nível de espécies, e maior validação como ferramenta para tipificação de amostras do CBc. Pelo PFGE, variados pulsotipos foram caracterizados demonstrando a colonização intermitente, mas poucas cepas foram compartilhadas entre os pacientes, destacando a eficácia das medidas de segregação nas instituições de referência. O gene sul1, não foi associado a resistência a SXT, sugerindo estar relacionada a outros mecanismos. A análise do NGS, revelou determinantes invasivos usados por B. cenocepacia IIIA (ET12) no processo de disseminação da bacteria para outros locais de infecção (extrapulmonar).