Estudo conformacional do ritonavir no vácuo e em meio aquoso usando dinâmica molecular de Car-Parrinello

• Ano de defesa: 2016
• Autor(a) principal: Moraes e Silva, Alisson
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual de Goiás; UEG ::Coordenação de Mestrado Ciências Moleculares; Brasil; UEG; Programa de Pós-Graduação Stricto sensu em Ciências Moleculares
• Palavras-chave em Português: Ritonavir; Dinâmica Molecular; Car-Parrinello; Hidratação; Molecular dynamics; Hydration; CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::QUIMICA
• Link de acesso: http://www.bdtd.ueg.br/handle/tede/618

O ritonavir é um anti-retroviral de via oral, usado juntamente com outros medicamentos para tratar o HIV/AIDS. Muitas vezes doses desse medicamento são usadas paralelamente a outros inibidores da protease e também há relatos do uso de sua combinação com outras drogas para o combate à hepatite C. Foram relatadas diferentes formas polimórficas do ritonavir dois anos após o início de sua comercialização, quando as cápsulas começaram a apresentar problemas de dissolução, consequentemente menor biodisponibilidade. Análises de raios-X evidenciaram a formação de um polimorfo menos solúvel. Fenômenos relacionados à solubilidade e biodisponibilidade de fármacos estão intimamente ligados à estrutura química dos mesmos e esta à interação das moléculas com solventes, portanto, o objetivo principal desse trabalho é avaliar os efeitos da solvatação aquosa sobre os parâmetros geométricos e eletrônicos do ritonavir utilizando como ferramenta a Dinâmica Molecular de Car-Parrinello. Os elétrons do caroço foram tratados através dos pseudopotenciais ultrasoft de Vanderbilt, e os elétrons de valência foram representados pelo conjunto de funções de base de ondas planas. A energia de corte (Ecut) adotada foi de 25 Ry e a energia de corte para a densidade de cargas (Ecutrho) adotada foi de 200 Ry. Foram controladas as temperaturas dos sistemas estudados utilizando o termostato de Nosé-Hoover em 300 k. Os resultados da simulação mostram que a hidratação induz a formação de várias pontes de hidrogênio entre os grupos hidrofílicos do ritonavir e as moléculas de água, houve também protonação de dois nitrogênios presentes no fármaco. A separação adiabática se manteve constante durante toda a simulação, garantindo que não houve trocas de energia entre o sistema iônico e eletrônico.