Anacê: serviço web para construção de árvores filogenéticas a partir de alinhamentos de sequências

• Ano de defesa: 2012
• Autor(a) principal: Moura, Hélio Augusto Sabóia
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual do Ceará
• Palavras-chave em Português: Alinhamento de sequências - Bioinformática; Computação Aplicada; Filogenia
• Link de acesso: https://siduece.uece.br/siduece/trabalhoAcademicoPublico.jsf?id=72315

<span style="font-style: normal;">Nas pesquisas biológicas em filogenia, faz-se muito uso de comparações entre características de espécies visando determinar como elas se relacionam. Com o progresso das técnicas de determinação das sequªncias de DNA e de proteÂnas, passou-se a comparar também estas sequências com o mesmo objetivo. Este trabalho visa apresentar o desenvolvimento de uma aplicação, na forma de serviços </span><em>Web</em>, para o cálculo de alinhamentos de sequências, cálculo da matriz de distâncias entre as espécies e a montagem da árvore filogenética, que é apresentada na forma textual ou gráfica. Os serviços <em>Web</em> disponibilizados obedecem ao padrão REST e podem ser usados por qualquer linguagem de programação que faça uso do protocolo HTTP. Foi utilizada a linguagem de programação funcional Scala para se ter um código mais claro e conciso, além de se permitir o uso de paralelismo em CPUs multicore. Definiu-se, também, um conjunto de estruturas de dados simples para a troca de informações. Este trabalho resultou em um conjunto de serviços <em>Web</em> muito fáceis de usar, que utilizam estruturas de dados simples e que podem ser acessados por qualquer linguagem de programação. O uso de uma linguagem funcional traz como consequência códigos concisos e fáceis de serem estudados para possíveis aprimoramentos. Também foi criado um sítio na Internet para o treinamento no uso dos serviços <em>Web</em>. Por sua característica de uso em simulações, o Anacê se tornou uma boa ferramenta para incorporar um Sistema de Apoio à Decisão - SAD - nas pesquisas na área de filogenia. Ferramenta esta que se adequa à nova geração de SADs baseados em Web. Palavras-chave: Alinhamento de Sequências, Filogenia, Progamação Funcional, Linguagem Scala.