Anacê: serviço web para construção de árvores filogenéticas a partir de alinhamentos de sequências - Moura, Hélio Augusto Sabóia (2012)
Nas pesquisas biológicas em filogenia, faz-se muito uso de comparações entre características de espécies visando determinar como elas se relacionam. Com o progresso das técnicas de determinação das sequÂªncias de DNA e de proteÂnas, passou-se a comparar também estas sequÃªncias com o mesmo objetivo. Este trabalho visa apresentar o desenvolvimento de uma aplicação, na forma de serviços Web, para o cálculo de alinhamentos de sequências, cálculo da matriz de distâncias entre as espécies e a montagem da árvore filogenética, que é apresentada na forma textual ou gráfica. Os serviços Web disponibilizados obedecem ao padrão REST e podem ser usados por qualquer linguagem de programação que faça uso do protocolo HTTP. Foi utilizada a linguagem de programação funcional Scala para se ter um código mais claro e conciso, além de se permitir o uso de paralelismo em CPUs multicore. Definiu-se, também, um conjunto de estruturas de dados simples para a troca de informações. Este trabalho resultou em um conjunto de serviços Web muito fáceis de usar, que utilizam estruturas de dados simples e que podem ser acessados por qualquer linguagem de programação. O uso de uma linguagem funcional traz como consequência códigos concisos e fáceis de serem estudados para possíveis aprimoramentos. Também foi criado um sítio na Internet para o treinamento no uso dos serviços Web. Por sua característica de uso em simulações, o Anacê se tornou uma boa ferramenta para incorporar um Sistema de Apoio à Decisão - SAD - nas pesquisas na área de filogenia. Ferramenta esta que se adequa à nova geração de SADs baseados em Web. Palavras-chave: Alinhamento de Sequências, Filogenia, Progamação Funcional, Linguagem Scala.