Detalhes bibliográficos
| Ano de defesa: |
2009 |
| Autor(a) principal: |
Sartin, Maicon Aparecido
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| Orientador(a): |
Calazans, Ney Laert Vilar
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| Banca de defesa: |
Não Informado pela instituição |
| Tipo de documento: |
Dissertação
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| Tipo de acesso: |
Acesso aberto |
| Idioma: |
por |
| Instituição de defesa: |
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul
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| Programa de Pós-Graduação: |
Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação
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| Departamento: |
Faculdade de Informáca
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| País: |
BR
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| Palavras-chave em Português: |
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| Área do conhecimento CNPq: |
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| Link de acesso: |
http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/5061
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Resumo: |
A evolução da tecnologia de fabricação de circuitos integrados continua obedecendo à lei de Moore. Entretanto, aplicações científicas cada vez mais necessitam de recursos de alto desempenho computacional, motivando pesquisadores a propor a aceleração por hardware dedicado para aumentar o desempenho destas aplicações. Freqüentemente, devido à necessidade de rapidez no projeto de tais aplicações, empregam-se técnicas de projeto com emprego de hardware reconfigurável. Atualmente, há um grande aumento em pesquisas de biofísica molecular com o objetivo principal na concepção de fármacos. Porém, para se chegar até a droga e a possível cura de alguma doença, diversos procedimentos devem ser empreendidos. Como exemplos podem ser citados experimentos para determinar o comportamento de moléculas simples ou de proteínas. As simulações por dinâmica molecular aportam uma variedade de informações do sistema molecular em questão. Entretanto, para se executar estas simulações é necessário o auxílio de recursos computacionais de alto desempenho, devido à elevada quantidade de cálculos a efetuar, à quantidade de informações geradas e à necessidade destas informações e resultados em períodos curtos de tempo, tornando a exigência por computação de alto desempenho uma característica básica desta área. Para suprir a exigência computacional de simulações por dinâmica molecular existem plataformas baseadas em FPGAs, que são largamente utilizadas como aceleradores de hardware de aplicações com alto custo computacional. FPGAs são amplamente disponíveis e permitem realizar rapidamente o projeto e a implementação de hardware com alto desempenho se comparado a software executando em processadores de propósito geral. A principal contribuição deste trabalho é uma proposta de método de comunicação entre uma máquina hospedeira e uma plataforma de hardware reconfigurável baseada em FPGAs, sugerindo uma arquitetura de software para integração das plataformas de software e o hardware usado para acelerar aplicações de simulação por dinâmica molecular. A proposta foi implementada como uma API para organização da comunicação entre as plataformas em níveis de abstração de serviço, visando tornar as camadas de software independentes do hardware. |
