Detecção quantitativa do gene phzf na biossíntese da fenazina em solos rizosféricos de terra preta da Amazônia

• Ano de defesa: 2014
• Autor(a) principal: Souza, Rosineide Cardoso de
• Orientador(a): Hanada, Rogério Eiji
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia - INPA
• Programa de Pós-Graduação: Agricultura no Trópico Úmido - ATU
• Link de acesso: https://repositorio.inpa.gov.br/handle/1/5235; http://lattes.cnpq.br/5739753892325187

Os compostos fenazinas encontrados no ambiente podem ser produzidos por diversas espécies de bactérias associadas às plantas, exercendo a atividade de biocontrole contra fitopatógenos do solo. A fenazina é sintetizada por sete genes em seu operon. O gene phzF é responsável pela produção de várias fenazinas naturais. No entanto, não há estudos do gene phzF em solos rizosféricos de Terra Preta da Amazônia - TPA. Este trabalho foi desenvolvido de acordo como os objetivos propostos e dividido em dois estudos. O primeiro estudo foi acessado a diversidade do gene phzF na biossíntese da fenazina nos solos rizosféricos (com influência das raízes) e não rizosféricos (solo bulk) da soja [Glycine max (L.) Merrill]. Para acessar esse gene, um experimento de mesocosmo foi estabelecido com amostras de TPA coletadas em dois ambientes (floresta e agrícola) e utilizado como substrato para o crescimento da soja. Após coleta dos solos rizosféricos, o DNA foi extraído e submetido ao sequenciamento em larga escala e à quantificação do número de cópias dos genes por meio do PCR quantitativo. As sequências geradas do metagenoma foram analisadas pelo banco de dados de anotação de proteínas (M5NR), com base nas sequências do domínio Bactéria. Os resultados indicaram onze grupos taxonômicos afiliados à sequências do gene phzF nas amostras de solos. Na reação de PCR quantitativo, os resultados revelaram que o número de cópias dos genes 16S rRNA bacteriano e da biossíntese phzF foram distintos para os solos rizosféricos e não rizosféricos, assim como, para os ambientes dos quais foram coletados. O segundo estudo realizado foi para detectar e estimar a frequência do número de cópias dos genes phzF e 16S rRNA bacteriano pela técnica de PCR quantitativo e também a caracterização do perfil da comunidade bacteriana em amostras de solos da cultura do feijão caupi [Vigna unguiculata (L.) Wald]. A análise de PCR quantitativo demonstrou resultados distintos em ambos os solos estudados. Os perfis das comunidades bacterianas das amostras de solos foram acessados, pela técnica de Polimorfismo do Tamanho de Fragmento de Restrição Terminal (T-RFLP). Foi possível observar a partir dos perfis gerados pela análise, subgrupos mais homogêneos, diferenciando significativamente de estruturas das comunidades bacterianas entre a rizosfera do feijão caupi e os solos não rizosféricos (bulk).