Development of a web application template for creating and managing databases of natural products from local biodiversity

Bibliographic Details
Main Author: Coelho, Ana Carolina Lunardello
Publication Date: 2025
Format: Master thesis
Language: eng
Source: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Download full: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17136/tde-08092025-165310/
Summary: In natural product research, dereplication-the process of identifying known compounds to avoid rediscovery-is essential. Recognizing this need, the Python library NPMINE (Natural Product MINing) was developed. This study focuses on the development of the NPMINE Online Database, which is derived from NPMINE, resulting in a web application based on the CRUD (Create, Read, Update, and Delete) model. This database is designed to efficiently store and explore manually collected data or information obtained from the scientific literature through the NPMINE library, including compounds and taxonomic names extracted from texts and images. It also allows users to include structures from other sources. The key features of the NPMINE Online Database include: (i) its open-source nature, encouraging collaboration and continuous improvement, (ii) free access and download options that cater to a broad user base, and (iii) customizable literature integration. In essence, the NPMINE Online Database has the potential to become a valuable open-access resource for chemical information on natural products.
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spelling Development of a web application template for creating and managing databases of natural products from local biodiversityDesenvolvimento de um molde de aplicações web para criação e administração de bases de dados de produtos naturais da biodiversidade localBanco de dadosDatabasesDesenvolvimento webFlaskFlaskNatural productsProdutos naturaisPythonPythonWeb developmentIn natural product research, dereplication-the process of identifying known compounds to avoid rediscovery-is essential. Recognizing this need, the Python library NPMINE (Natural Product MINing) was developed. This study focuses on the development of the NPMINE Online Database, which is derived from NPMINE, resulting in a web application based on the CRUD (Create, Read, Update, and Delete) model. This database is designed to efficiently store and explore manually collected data or information obtained from the scientific literature through the NPMINE library, including compounds and taxonomic names extracted from texts and images. It also allows users to include structures from other sources. The key features of the NPMINE Online Database include: (i) its open-source nature, encouraging collaboration and continuous improvement, (ii) free access and download options that cater to a broad user base, and (iii) customizable literature integration. In essence, the NPMINE Online Database has the potential to become a valuable open-access resource for chemical information on natural products.Na pesquisa de produtos naturais, a desreplicação - processo de identificação de compostos conhecidos para evitar a redescoberta - é essencial. Ao reconhecer esta necessidade, foi desenvolvida a biblioteca Python NPMINE (Natural Product MINing). Este estudo concentra-se no desenvolvimento do NPMINE Online Database, que deriva do NPMINE, e trata de uma aplicação web baseada no modelo CRUD (Create, Read, Update, and Delete). Esta base de dados foi projetada para armazenar e explorar de forma eficiente dados coletados manualmente ou informações obtidas da literatura científica através da biblioteca NPMINE, incluindo compostos e nomes taxonômicos de textos e imagens, mas também para permitir a inclusão de estruturas de outras fontes por seus usuários. Os principais recursos do banco de dados on-line NPMINE incluem: (i) sua natureza de código aberto, que incentiva a colaboração e a melhoria contínua, (ii) acesso gratuito e opções para download que atendem a uma ampla base de usuários, e (iii) a possibilidade de inserção de publicações, estruturas químicas e anotações taxonômicas personalizáveis. Em essência, o acesso aberto para informações químicas sobre produtos naturais da NPMINE Online Database tem potencial para se tornar um recurso valioso para a pesquisa em produtos naturais.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPSilva, Ricardo Roberto daCoelho, Ana Carolina Lunardello2025-06-02info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17136/tde-08092025-165310/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesseng2025-11-17T17:23:02Zoai:teses.usp.br:tde-08092025-165310Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-11-17T17:23:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
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