O papel dos túneis de água na regulação da atividade enzimática de uma β-glicosidase de Humicola insolens (Bglhi)

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Main Author: Lopes, Douglas Christian Borges
Publication Date: 2025
Format: Doctoral thesis
Language: por
Source: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
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Summary: As β-glicosidases (BGLs) são um grupo de enzimas que promovem a quebra de ligações glicosídicas específicas em moléculas de açúcar. Essas enzimas são cruciais na degradação de diversos tipos de açúcares complexos, incluindo celulose e outros polissacarídeos. As BGLs desempenham um papel fundamental na hidrólise de biomassa lignocelulósica, processo que visa transformar materiais vegetais em açúcares fermentáveis para a produção de biocombustíveis. Um aspecto notável das BGLs é a sua capacidade de tolerar e, em alguns casos, ser estimuladas pelo produto de sua própria reação, a glicose. Essa característica única tem sido objeto de intensas pesquisas nas últimas décadas, com o objetivo de compreender os mecanismos moleculares envolvidos nesse fenômeno e explorar suas aplicações biotecnológicas. O presente trabalho buscou identificar e avaliar como modificações em alguns resíduos de aminoácidos encontrados em túneis de água da Bglhi, uma β-glicosidase (GH1) proveniente de Humicola insolens que apresenta tanto atividade de hidrólise quanto transglicosilação, poderiam influenciar no balanço entre esses dois tipos de atividade. Essa enzima é descrita como sendo estimulada por glicose e xilose. As variantes mutantes da Bglhi foram obtidas através de mutações sítio-dirigidas. A enzima e suas variantes mutantes foram produzidas heterólogamente em E. coli, e caracterizadas quanto temperatura e pH ótimos, termotolêrancia, estabilidade em diferentes pHs, tolerância em diferentes concentrações de glicose e xilose, e também, obtidos os parâmetros cinéticos Km, Vmax e eficiência catalítica na presença de concentrações de glicose e xilose que estimulam o máximo da atividade enzimática. Além disso, foram avaliados os impactos das mutações nas taxas de hidrólise e transglicosilação, na presença e ausência de xilose. Foram obtidas 9 variantes mutantes da Bglhi (S54H, F115T, F115W, A260F, N432Q, S54H/F115W, S54H/A260F, F115W/A260F e S54H/F115W/A260F). Dentre as variantes mutantes, F115W/A260F não foi expressa de forma solúvel e N432Q não apresentou qualquer atividade e, portanto, não foram caracterizadas. Todas as variantes ativas e solúveis não apresentaram alterações quanto a temperatura e pH ótimos e estabilidade em diferentes pHs, contudo, S54H, A260F, S54H/F115W, S54H/A260F e S54H/F115W/A260F apresentaram menor termotolerância em temperaturas acima de 50 ºC quando comparadas com a enzima nativa. Os parâmetros cinéticos apresentaram variações em todas as variantes mutantes em comparação a Bglhi tanto na presença ou ausência de glicose e xilose. Da mesma foram ocorreram alterações nas taxas de transglicosilação das variantes mutantes frente a Bglhi. Esses dados indicam que modificações nos canais de água nesta enzima podem interferir, de alguma forma, no tipo de reação realizada por ela e, portanto, levando a uma possível elucidação de novos alvos para o desenvolvimento e engenharia de enzimas visando aprimorar não só β-glicosidases como também outras enzimas de interesse para diversos processos industriais.
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spelling O papel dos túneis de água na regulação da atividade enzimática de uma β-glicosidase de Humicola insolens (Bglhi)The role of water tunnels in regulating the enzymatic activity of a β-glucosidase from Humicola insolens (Bglhi)β-glicosidaseβ-glucosidaseHidróliseHydrolysisMutagênese sitio-dirigidaSite-directed mutagenesisTransglicosilaçãoTransglycosylationTúneis de águaWater tunnelsAs β-glicosidases (BGLs) são um grupo de enzimas que promovem a quebra de ligações glicosídicas específicas em moléculas de açúcar. Essas enzimas são cruciais na degradação de diversos tipos de açúcares complexos, incluindo celulose e outros polissacarídeos. As BGLs desempenham um papel fundamental na hidrólise de biomassa lignocelulósica, processo que visa transformar materiais vegetais em açúcares fermentáveis para a produção de biocombustíveis. Um aspecto notável das BGLs é a sua capacidade de tolerar e, em alguns casos, ser estimuladas pelo produto de sua própria reação, a glicose. Essa característica única tem sido objeto de intensas pesquisas nas últimas décadas, com o objetivo de compreender os mecanismos moleculares envolvidos nesse fenômeno e explorar suas aplicações biotecnológicas. O presente trabalho buscou identificar e avaliar como modificações em alguns resíduos de aminoácidos encontrados em túneis de água da Bglhi, uma β-glicosidase (GH1) proveniente de Humicola insolens que apresenta tanto atividade de hidrólise quanto transglicosilação, poderiam influenciar no balanço entre esses dois tipos de atividade. Essa enzima é descrita como sendo estimulada por glicose e xilose. As variantes mutantes da Bglhi foram obtidas através de mutações sítio-dirigidas. A enzima e suas variantes mutantes foram produzidas heterólogamente em E. coli, e caracterizadas quanto temperatura e pH ótimos, termotolêrancia, estabilidade em diferentes pHs, tolerância em diferentes concentrações de glicose e xilose, e também, obtidos os parâmetros cinéticos Km, Vmax e eficiência catalítica na presença de concentrações de glicose e xilose que estimulam o máximo da atividade enzimática. Além disso, foram avaliados os impactos das mutações nas taxas de hidrólise e transglicosilação, na presença e ausência de xilose. Foram obtidas 9 variantes mutantes da Bglhi (S54H, F115T, F115W, A260F, N432Q, S54H/F115W, S54H/A260F, F115W/A260F e S54H/F115W/A260F). Dentre as variantes mutantes, F115W/A260F não foi expressa de forma solúvel e N432Q não apresentou qualquer atividade e, portanto, não foram caracterizadas. Todas as variantes ativas e solúveis não apresentaram alterações quanto a temperatura e pH ótimos e estabilidade em diferentes pHs, contudo, S54H, A260F, S54H/F115W, S54H/A260F e S54H/F115W/A260F apresentaram menor termotolerância em temperaturas acima de 50 ºC quando comparadas com a enzima nativa. Os parâmetros cinéticos apresentaram variações em todas as variantes mutantes em comparação a Bglhi tanto na presença ou ausência de glicose e xilose. Da mesma foram ocorreram alterações nas taxas de transglicosilação das variantes mutantes frente a Bglhi. Esses dados indicam que modificações nos canais de água nesta enzima podem interferir, de alguma forma, no tipo de reação realizada por ela e, portanto, levando a uma possível elucidação de novos alvos para o desenvolvimento e engenharia de enzimas visando aprimorar não só β-glicosidases como também outras enzimas de interesse para diversos processos industriais.β-glucosidases (BGLs) are a group of enzymes that promote the breakdown of specific glycosidic bonds in sugar molecules. These enzymes are crucial in the degradation of various types of complex sugars, including cellulose and other polysaccharides. BGLs play a fundamental role in the hydrolysis of lignocellulosic biomass, a process that aims to transform plant materials into fermentable sugars for the production of biofuels. A notable aspect of BGLs is their ability to tolerate and, in some cases, be stimulated by the product of their own reaction, glucose. This unique characteristic has been the subject of intense research in recent decades, with the aim of understanding the molecular mechanisms involved in this phenomenon and exploring its biotechnological applications. The present work sought to identify and evaluate how modifications in some amino acid residues found in water tunnels of Bglhi, a β-glucosidase (GH1) from Humicola insolens that exhibits both hydrolysis and transglycosylation activity, could influence the balance between these two types of activity. This enzyme is described as being stimulated by glucose and xylose. The mutant variants of Bglhi were obtained through site-directed mutations. The enzyme and its mutant variants were heterologously produced in E. coli, and characterized for optimal temperature and pH, thermostability, stability at different pHs, tolerance at different concentrations of glucose and xylose, and also, the kinetic parameters Km, Vmax and catalytic efficiency were obtained in the presence of glucose and xylose concentrations that stimulate the maximum enzymatic activity. In addition, the impacts of mutations on hydrolysis and transglycosylation rates were evaluated, in the presence and absence of xylose. Nine mutant variants of Bglhi were obtained (S54H, F115T, F115W, A260F, N432Q, S54H/F115W, S54H/A260F, F115W/A260F and S54H/F115W/A260F). Among the mutant variants, F115W/A260F was not expressed in a soluble form and N432Q did not show any activity and, therefore, were not characterized. All active and soluble variants showed no changes in optimal temperature and pH and stability at different pHs, however, S54H, A260F, S54H/F115W, S54H/A260F and S54H/F115W/A260F showed lower thermostability at temperatures above 50 ºC when compared to the native enzyme. The kinetic parameters showed variations in all mutant variants compared to Bglhi both in the presence or absence of glucose and xylose. Similarly, changes occurred in the transglycosylation rates of the mutant variants compared to Bglhi. These data indicate that modifications in the water channels in this enzyme can interfere, in some way, in the type of reaction performed by it and, therefore, leading to a possible elucidation of new targets for the development and engineering of enzymes aiming to improve not only β-glucosidases but also other enzymes of interest for various industrial processes.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPWard, Richard JohnLopes, Douglas Christian Borges2025-01-28info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17131/tde-05052025-140910/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-07-25T19:57:02Zoai:teses.usp.br:tde-05052025-140910Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-07-25T19:57:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
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