Caracterização genotípica e estudo filogenético de Cryptosporidium spp. obtidos de diferentes hospedeiros
Main Author: | |
---|---|
Publication Date: | 2007 |
Format: | Doctoral thesis |
Language: | por |
Source: | Repositório Institucional da UFRRJ |
Download full: | https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/9628 |
Summary: | O presente trabalho teve por objetivo caracterizar geneticamente as espécies de Cryptosporidium oriundos de vários hospedeiros, realizar o seqüenciamento e análises filogenéticas, incluindo o depósito das primeiras seqüências brasileiras de Cryptosporidium spp. de origem animal no GenBank. Foram obtidas amostras fecais contendo oocistos de Cryptosporidium de pintos, patos, codornas e porquinhos da índia comercializados num mercado municipal da cidade do Rio de Janeiro, de bezerros de uma propriedade voltada à produção leiteira localizada no mesmo município e de gatos e cães de um abrigo para animais localizado no município de Nova Iguaçu. Para as análises foi utilizado Nested-PCR do DNA extraído a partir de 200μl de solução fecal. Foi realizada RFLP dos produtos obtidos no Nested-PCR, utilizando-se as enzimas SspI e VspI, para uma identificação preliminar das espécies de Cryptosporidium presentes. As amostras de DNA foram seqüenciadas e análises filogenéticas foram conduzidas. Foram diagnosticados e sequenciados C. baileyi infectando dois patos (DQ855339 e DQ885340) e uma codorna (DQ885335) e C. melagridis infectando um pinto (DQ885341). As seqüências dos Porquinhos da Índia receberam os números de acesso DQ885337 e DQ885338, sendo que ambas as seqüências não puderam ser identificadas como espécie conhecida de Cryptosporidium, devido à grande distância genética entre elas e aquelas já depositadas no GenBank, sugerindo que se trate de um genóptipo ou espécie nova. Parasitando os gatos foi diagnosticado C. felis (DQ885336) e em um cão C. canis (DQ885334). Uma das amostras de C. parvum de bovinos foi seqüenciada, sendo depositada no GenBank sob número de acesso DQ885333. Durante as análises dos sítios de corte enzimático dos produtos da Nested-PCR do gen 18Sr DNA, a única espécie que realmente possue padrão de corte característico é C. baileyi. As demais espécies de Cryptosporidium deveriam ser submetidas à ação de outras enzimas, para um diagnóstico acurado. Nas análises filogenéticas foi observada uma distância genética maior entre C. felis e C. canis isolados no Brasil quando comparados às seqüências do GenBank. Com base nos dados apresentados pelo agrupamento filogenético, uma possível nova espécie chama a atenção à presença de espécies desconhecidas de Cryptosporidium, mesmo em animais comuns de estimação, como é o caso do Porquinho da Índia. Estas são as primeiras seqüências de C. baileyi, C. meleagridis, C. felis, C. canis e C. parvum do Brasil depositadas no GenBank. |
id |
UFRRJ-1_ac0d58cbb1eee2394a9ee88a5579e60c |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:rima.ufrrj.br:20.500.14407/9628 |
network_acronym_str |
UFRRJ-1 |
network_name_str |
Repositório Institucional da UFRRJ |
repository_id_str |
|
spelling |
Huber, FranziskaBomfim, Teresa Cristina Bergamo do609.928.087-15http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4787028D0694.504.981-72http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4767899J52023-12-21T18:42:04Z2023-12-21T18:42:04Z2007-02-27HUBER, Franziska. Caracterização genotípica e estudo filogenético de Cryptosporidium spp. obtidos de diferentes hospedeiros. 2007. 72 f. Tese (Doutorado em Ciências Veterinárias) - Instituto de Veterinária, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica - RJ, 2007.https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/9628O presente trabalho teve por objetivo caracterizar geneticamente as espécies de Cryptosporidium oriundos de vários hospedeiros, realizar o seqüenciamento e análises filogenéticas, incluindo o depósito das primeiras seqüências brasileiras de Cryptosporidium spp. de origem animal no GenBank. Foram obtidas amostras fecais contendo oocistos de Cryptosporidium de pintos, patos, codornas e porquinhos da índia comercializados num mercado municipal da cidade do Rio de Janeiro, de bezerros de uma propriedade voltada à produção leiteira localizada no mesmo município e de gatos e cães de um abrigo para animais localizado no município de Nova Iguaçu. Para as análises foi utilizado Nested-PCR do DNA extraído a partir de 200μl de solução fecal. Foi realizada RFLP dos produtos obtidos no Nested-PCR, utilizando-se as enzimas SspI e VspI, para uma identificação preliminar das espécies de Cryptosporidium presentes. As amostras de DNA foram seqüenciadas e análises filogenéticas foram conduzidas. Foram diagnosticados e sequenciados C. baileyi infectando dois patos (DQ855339 e DQ885340) e uma codorna (DQ885335) e C. melagridis infectando um pinto (DQ885341). As seqüências dos Porquinhos da Índia receberam os números de acesso DQ885337 e DQ885338, sendo que ambas as seqüências não puderam ser identificadas como espécie conhecida de Cryptosporidium, devido à grande distância genética entre elas e aquelas já depositadas no GenBank, sugerindo que se trate de um genóptipo ou espécie nova. Parasitando os gatos foi diagnosticado C. felis (DQ885336) e em um cão C. canis (DQ885334). Uma das amostras de C. parvum de bovinos foi seqüenciada, sendo depositada no GenBank sob número de acesso DQ885333. Durante as análises dos sítios de corte enzimático dos produtos da Nested-PCR do gen 18Sr DNA, a única espécie que realmente possue padrão de corte característico é C. baileyi. As demais espécies de Cryptosporidium deveriam ser submetidas à ação de outras enzimas, para um diagnóstico acurado. Nas análises filogenéticas foi observada uma distância genética maior entre C. felis e C. canis isolados no Brasil quando comparados às seqüências do GenBank. Com base nos dados apresentados pelo agrupamento filogenético, uma possível nova espécie chama a atenção à presença de espécies desconhecidas de Cryptosporidium, mesmo em animais comuns de estimação, como é o caso do Porquinho da Índia. Estas são as primeiras seqüências de C. baileyi, C. meleagridis, C. felis, C. canis e C. parvum do Brasil depositadas no GenBank.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESThe objectives of the present study was the genetical characterizations of Cryptosporidium spp. from different hosts, realize the sequencing an phylogenetic analysis, including the deposit in GenBank of the first Cryptosporidium sequences of animal origin, from Brazil. There were obtained fecal samples, containing Cryptosporidium oocysts from chiken, ducks, quails and Guinea pigs from a public market localized in Rio de Janeiro city, from dairy calfs maintained at a farm localized in the same city and from dogs and cats maintained at a shelter localized in the city of Nova Iguaçu. For the analysis was utilized the Nested-PCR of the extracted DNA from 200μl of fecal suspension. For primary identification of Cryptosporidium species was realized RFLP with enzymes SspI and VspI. DNA samples were sequenced and phylogenetic analysis were conducted. There were diagnosed and sequenced C. baileyi infecting two ducks (DQ855339 and DQ885340) and one quail (DQ885335) and C. melagridis infecting one chicken (DQ885341). The sequences obtained form Cryptosporidium infecting Guinea pigs received accession numbers DQ885337 and DQ885338, both sequences were not identified with known Cryptosporidium species due to the great genetic distance between them and those already available at GenBank, suggesting that it may be a new genotype or species. Parasitizing cats was diagnosed C. felis (DQ885336) and in one dog C. canis (DQ885334). One sample of C. parvum of calf origin was sequenced and received accession number DQ885333. During analysis of RFLP pattern of the nested- PCR product from 18Sr DNA was stated that only C. baileyi has a characteristic digestion pattern. Other Cryptosporidium species should be digested by several other enzymes, for a accurate diagnosis. At phylogenetic analysis was found a greater genetic distance between C. felis and C. canis from Brazil when compared to the reference sequences obtained from GenBank. Based on the phylogenetic groupings, a possible new species of Cryptosporidium from Guinea Pigs calls attention for the existence of new species even in common pet animals. As is the case of the Guinea Pig. The sequences obtained in this study are the first Brazilian sequences of C. baileyi, C. meleagridis, C. felis, C. canis and C. parvum deposited in GenBank.application/pdfporUniversidade Federal Rural do Rio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Ciências VeterináriasUFRRJBrasilInstituto de VeterináriaCryptosporidiumFilogeniacaracterização genotípicaBrasilPhylogenygenotypiccharacterizationParasitologiaCaracterização genotípica e estudo filogenético de Cryptosporidium spp. obtidos de diferentes hospedeirosGenotypic characterization and phylogeny of Cryptosporidium spp. from different hostsinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesishttps://tede.ufrrj.br/retrieve/59876/2007%20-%20Franziska%20Huber.pdf.jpghttps://tede.ufrrj.br/jspui/handle/tede/803Made available in DSpace on 2016-04-28T20:16:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007 - Franziska Huber.pdf: 2677706 bytes, checksum: 65e703599b63ae016e9aa85d1752e357 (MD5) Previous issue date: 2007-02-27info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRRJinstname:Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ)instacron:UFRRJTHUMBNAIL2007 - Franziska Huber.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3492https://rima.ufrrj.br/jspui/bitstream/20.500.14407/9628/1/2007%20-%20Franziska%20Huber.pdf.jpgd0cb5158526b1a4c892109c7c923f524MD51TEXT2007 - Franziska Huber.pdf.txtExtracted Texttext/plain166619https://rima.ufrrj.br/jspui/bitstream/20.500.14407/9628/2/2007%20-%20Franziska%20Huber.pdf.txtf455528ca7513c600e6d4d267e87cb48MD52ORIGINAL2007 - Franziska Huber.pdfapplication/pdf2677803https://rima.ufrrj.br/jspui/bitstream/20.500.14407/9628/3/2007%20-%20Franziska%20Huber.pdfd93ee60da589db3652937c725694fce8MD5320.500.14407/96282023-12-21 15:42:04.397oai:rima.ufrrj.br:20.500.14407/9628Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://tede.ufrrj.br/PUBhttps://tede.ufrrj.br/oai/requestbibliot@ufrrj.bropendoar:2023-12-21T18:42:04Repositório Institucional da UFRRJ - Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ)false |
dc.title.por.fl_str_mv |
Caracterização genotípica e estudo filogenético de Cryptosporidium spp. obtidos de diferentes hospedeiros |
dc.title.alternative.eng.fl_str_mv |
Genotypic characterization and phylogeny of Cryptosporidium spp. from different hosts |
title |
Caracterização genotípica e estudo filogenético de Cryptosporidium spp. obtidos de diferentes hospedeiros |
spellingShingle |
Caracterização genotípica e estudo filogenético de Cryptosporidium spp. obtidos de diferentes hospedeiros Huber, Franziska Cryptosporidium Filogenia caracterização genotípica Brasil Phylogeny genotypic characterization Parasitologia |
title_short |
Caracterização genotípica e estudo filogenético de Cryptosporidium spp. obtidos de diferentes hospedeiros |
title_full |
Caracterização genotípica e estudo filogenético de Cryptosporidium spp. obtidos de diferentes hospedeiros |
title_fullStr |
Caracterização genotípica e estudo filogenético de Cryptosporidium spp. obtidos de diferentes hospedeiros |
title_full_unstemmed |
Caracterização genotípica e estudo filogenético de Cryptosporidium spp. obtidos de diferentes hospedeiros |
title_sort |
Caracterização genotípica e estudo filogenético de Cryptosporidium spp. obtidos de diferentes hospedeiros |
author |
Huber, Franziska |
author_facet |
Huber, Franziska |
author_role |
author |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Huber, Franziska |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Bomfim, Teresa Cristina Bergamo do |
dc.contributor.advisor1ID.fl_str_mv |
609.928.087-15 |
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv |
http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4787028D0 |
dc.contributor.authorID.fl_str_mv |
694.504.981-72 |
dc.contributor.authorLattes.fl_str_mv |
http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4767899J5 |
contributor_str_mv |
Bomfim, Teresa Cristina Bergamo do |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Cryptosporidium Filogenia caracterização genotípica Brasil |
topic |
Cryptosporidium Filogenia caracterização genotípica Brasil Phylogeny genotypic characterization Parasitologia |
dc.subject.eng.fl_str_mv |
Phylogeny genotypic characterization |
dc.subject.cnpq.fl_str_mv |
Parasitologia |
description |
O presente trabalho teve por objetivo caracterizar geneticamente as espécies de Cryptosporidium oriundos de vários hospedeiros, realizar o seqüenciamento e análises filogenéticas, incluindo o depósito das primeiras seqüências brasileiras de Cryptosporidium spp. de origem animal no GenBank. Foram obtidas amostras fecais contendo oocistos de Cryptosporidium de pintos, patos, codornas e porquinhos da índia comercializados num mercado municipal da cidade do Rio de Janeiro, de bezerros de uma propriedade voltada à produção leiteira localizada no mesmo município e de gatos e cães de um abrigo para animais localizado no município de Nova Iguaçu. Para as análises foi utilizado Nested-PCR do DNA extraído a partir de 200μl de solução fecal. Foi realizada RFLP dos produtos obtidos no Nested-PCR, utilizando-se as enzimas SspI e VspI, para uma identificação preliminar das espécies de Cryptosporidium presentes. As amostras de DNA foram seqüenciadas e análises filogenéticas foram conduzidas. Foram diagnosticados e sequenciados C. baileyi infectando dois patos (DQ855339 e DQ885340) e uma codorna (DQ885335) e C. melagridis infectando um pinto (DQ885341). As seqüências dos Porquinhos da Índia receberam os números de acesso DQ885337 e DQ885338, sendo que ambas as seqüências não puderam ser identificadas como espécie conhecida de Cryptosporidium, devido à grande distância genética entre elas e aquelas já depositadas no GenBank, sugerindo que se trate de um genóptipo ou espécie nova. Parasitando os gatos foi diagnosticado C. felis (DQ885336) e em um cão C. canis (DQ885334). Uma das amostras de C. parvum de bovinos foi seqüenciada, sendo depositada no GenBank sob número de acesso DQ885333. Durante as análises dos sítios de corte enzimático dos produtos da Nested-PCR do gen 18Sr DNA, a única espécie que realmente possue padrão de corte característico é C. baileyi. As demais espécies de Cryptosporidium deveriam ser submetidas à ação de outras enzimas, para um diagnóstico acurado. Nas análises filogenéticas foi observada uma distância genética maior entre C. felis e C. canis isolados no Brasil quando comparados às seqüências do GenBank. Com base nos dados apresentados pelo agrupamento filogenético, uma possível nova espécie chama a atenção à presença de espécies desconhecidas de Cryptosporidium, mesmo em animais comuns de estimação, como é o caso do Porquinho da Índia. Estas são as primeiras seqüências de C. baileyi, C. meleagridis, C. felis, C. canis e C. parvum do Brasil depositadas no GenBank. |
publishDate |
2007 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2007-02-27 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2023-12-21T18:42:04Z |
dc.date.available.fl_str_mv |
2023-12-21T18:42:04Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
format |
doctoralThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
HUBER, Franziska. Caracterização genotípica e estudo filogenético de Cryptosporidium spp. obtidos de diferentes hospedeiros. 2007. 72 f. Tese (Doutorado em Ciências Veterinárias) - Instituto de Veterinária, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica - RJ, 2007. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/9628 |
identifier_str_mv |
HUBER, Franziska. Caracterização genotípica e estudo filogenético de Cryptosporidium spp. obtidos de diferentes hospedeiros. 2007. 72 f. Tese (Doutorado em Ciências Veterinárias) - Instituto de Veterinária, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica - RJ, 2007. |
url |
https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/9628 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro |
dc.publisher.program.fl_str_mv |
Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
UFRRJ |
dc.publisher.country.fl_str_mv |
Brasil |
dc.publisher.department.fl_str_mv |
Instituto de Veterinária |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UFRRJ instname:Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ) instacron:UFRRJ |
instname_str |
Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ) |
instacron_str |
UFRRJ |
institution |
UFRRJ |
reponame_str |
Repositório Institucional da UFRRJ |
collection |
Repositório Institucional da UFRRJ |
bitstream.url.fl_str_mv |
https://rima.ufrrj.br/jspui/bitstream/20.500.14407/9628/1/2007%20-%20Franziska%20Huber.pdf.jpg https://rima.ufrrj.br/jspui/bitstream/20.500.14407/9628/2/2007%20-%20Franziska%20Huber.pdf.txt https://rima.ufrrj.br/jspui/bitstream/20.500.14407/9628/3/2007%20-%20Franziska%20Huber.pdf |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
d0cb5158526b1a4c892109c7c923f524 f455528ca7513c600e6d4d267e87cb48 d93ee60da589db3652937c725694fce8 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UFRRJ - Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ) |
repository.mail.fl_str_mv |
bibliot@ufrrj.br |
_version_ |
1828753950468210688 |