Desenvolvimento e aplicação de um teste PCR multiplex para a detecção rápida dos principais patógenos bacterianos na sepse neonatal precoce

Bibliographic Details
Main Author: Silva Junior, Walter Peres
Publication Date: 2015
Format: Master thesis
Language: por
Source: Repositório Institucional da UFMS
Download full: https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/2917
Summary: Introdução: A sepse ainda é uma das principais causas de morbidade e mortalidade no período neonatal. Quando a etiologia da sepse é bacteriana o diagnóstico confirmatório depende de exames microbiológicos baseados em hemoculturas que, apesar de serem ainda consideradas o padrão-ouro, demoram de 48 a 72 horas para oferecer resultados, além de possuirem baixa sensibilidade. Objetivo: Padronizar um novo método molecular, através da técnica de reação em cadeia da polimerase em tempo real multiplex (PCRtr), capaz de um inferir diagnóstico rápido e específico dos principais agentes na sepse bacteriana neonatal precoce (SNP). Metodologia: O estudo foi desenvolvido no período de setembro de 2013 a fevereiro de 2014. Amostras de sangue de recém-nascidos internados nas UTI neonatais da SCCG, HRMS e HU foram coletadas e analisadas através do método PCRtr heptaplex para detecção de Streptococcus agalactiae, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter sp., Serratia sp. e Staphylococcus aureus. Também foi incluído o primer universal nas análises. Resultados: Foram estudados 150 recém-nascidos com sepse clínica e 10 recémnascidos controles saudáveis. Do grupo com sepse clínica 100% apresentaram positividade para presença de DNA genômico bacteriano através do primer universal. O grupo controle apresentou negatividade no PCRtr e na hemocultura. As hemoculturas do grupo com sepse foi negativa em 97% dos casos. A análise das curvas da PCRtr heptaplex demonstrou que 76% das amostras foram positivas para Escherichia coli, 34,7% para Staphylococcus aureus, 13,3% para Streptococcus agalactiae, 7,3% para Pseudomonas aeruginosa e 0,7% para Enterobacter sp. e Serratia sp., cada um . A PCRtr heptaplex dos pacientes com sepse clínica foram microbiologicamente confirmadas no sangue em 8,1% das amostras. A taxa de concordância entre o PCRtr heptaplex e a hemocultura positiva pela mesma bactéria foi de 75%. Discussão: Os resultados confirmam uma maior taxa de positividade do PCRtr em comparação com os métodos baseados em cultura. A taxa de concordância das hemoculturas positivas com a detecção da mesma bactéria no PCRtr heptaplex está de acordo com o encontrado na literatura. Foi encontrado um predomínio de bactérias gram-negativas entre o total, corroborando o achado em outras populações semelhantes em países em desenvolvimento. Conclusão: O desenvolvimento deste novo teste baseado em PCRtr multiplex para a detecção rápida e sensível de importantes patógenos causadores de SNP pode potencialmente se sobressair em comparação com os métodos microbiológicos baseados em cultura, com o objetivo de facilitar a progressão para um terapia antimicrobiana que seja mais específica, evitando o uso abusivo de antibióticos nas UTI neonatais.
id UFMS_e50bdf4f7c631f1be1118f39cf55bdda
oai_identifier_str oai:repositorio.ufms.br:123456789/2917
network_acronym_str UFMS
network_name_str Repositório Institucional da UFMS
repository_id_str 2124
spelling 2016-09-20T01:04:02Z2021-09-30T19:56:35Z2015https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/2917Introdução: A sepse ainda é uma das principais causas de morbidade e mortalidade no período neonatal. Quando a etiologia da sepse é bacteriana o diagnóstico confirmatório depende de exames microbiológicos baseados em hemoculturas que, apesar de serem ainda consideradas o padrão-ouro, demoram de 48 a 72 horas para oferecer resultados, além de possuirem baixa sensibilidade. Objetivo: Padronizar um novo método molecular, através da técnica de reação em cadeia da polimerase em tempo real multiplex (PCRtr), capaz de um inferir diagnóstico rápido e específico dos principais agentes na sepse bacteriana neonatal precoce (SNP). Metodologia: O estudo foi desenvolvido no período de setembro de 2013 a fevereiro de 2014. Amostras de sangue de recém-nascidos internados nas UTI neonatais da SCCG, HRMS e HU foram coletadas e analisadas através do método PCRtr heptaplex para detecção de Streptococcus agalactiae, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter sp., Serratia sp. e Staphylococcus aureus. Também foi incluído o primer universal nas análises. Resultados: Foram estudados 150 recém-nascidos com sepse clínica e 10 recémnascidos controles saudáveis. Do grupo com sepse clínica 100% apresentaram positividade para presença de DNA genômico bacteriano através do primer universal. O grupo controle apresentou negatividade no PCRtr e na hemocultura. As hemoculturas do grupo com sepse foi negativa em 97% dos casos. A análise das curvas da PCRtr heptaplex demonstrou que 76% das amostras foram positivas para Escherichia coli, 34,7% para Staphylococcus aureus, 13,3% para Streptococcus agalactiae, 7,3% para Pseudomonas aeruginosa e 0,7% para Enterobacter sp. e Serratia sp., cada um . A PCRtr heptaplex dos pacientes com sepse clínica foram microbiologicamente confirmadas no sangue em 8,1% das amostras. A taxa de concordância entre o PCRtr heptaplex e a hemocultura positiva pela mesma bactéria foi de 75%. Discussão: Os resultados confirmam uma maior taxa de positividade do PCRtr em comparação com os métodos baseados em cultura. A taxa de concordância das hemoculturas positivas com a detecção da mesma bactéria no PCRtr heptaplex está de acordo com o encontrado na literatura. Foi encontrado um predomínio de bactérias gram-negativas entre o total, corroborando o achado em outras populações semelhantes em países em desenvolvimento. Conclusão: O desenvolvimento deste novo teste baseado em PCRtr multiplex para a detecção rápida e sensível de importantes patógenos causadores de SNP pode potencialmente se sobressair em comparação com os métodos microbiológicos baseados em cultura, com o objetivo de facilitar a progressão para um terapia antimicrobiana que seja mais específica, evitando o uso abusivo de antibióticos nas UTI neonatais.ABSTRACT - Introduction: Sepsis is still a major cause of morbidity and mortality in the neonatal period. When the etiology of sepsis is bacterial, confirmatory diagnosis depends on microbiological tests based on blood cultures that, although they are still considered the gold standard, take 48-72 hours to deliver results, and possess low sensitivity. Objective: To standardize a new molecular method by polymerase chain reaction method in real time (PCRrt) multiplex technique, capable of rapid and specific diagnosis of the main pathogens in the early neonatal bacterial sepsis (EOS). Methodology: The study was carried out from September 2013 to February 2014. Blood samples of newborns admitted to the neonatal intensive care unit (ICU) from SCCG, HRMS and HU were collected and analyzed by PCRrt heptaplex for detecting Streptococcus agalactiae, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter sp., Serratia sp. and Staphylococcus aureus. Also included is the universal primer in the analyzes. Results: We studied 150 infants with clinical sepsis and 10 healthy newborns controls. Into the group with clinical sepsis, 100% were positive for the presence of bacterial genomic DNA through universal primer. The control group showed negativity in PCRrt and in blood culture. Blood cultures of the group with sepsis was negative in 97% of cases. The analysis of PCRrt heptaplex curves showed that 76% of the samples were positive for Escherichia coli, 34.7% for Staphylococcus aureus, 13.3% for Streptococcus agalactiae, 7.3% for Pseudomonas aeruginosa and 0.7% for Enterobacter sp. and Serratia sp., each. The PCRrt heptaplex of patients with clinical sepsis were microbiologically confirmed in blood in 8.1% of samples. The concordance rate between the heptaplex PCRrt and positive blood cultures by the same bacteria was 75%. Discussion: These results confirm a higher positivity rate PCRrt compared to culture-based methods. The concordance rate of positive blood cultures in the detection of the same bacteria in the PCRrt heptaplex is consistent with findings in the literature. Predominance of gram-negative bacteria was found between total, corroborating the findings in other similar populations in developing countries. Conclusion: The development of this new test based on multiplex PCRrt for the rapid and sensitive detection of EOS important pathogens can potentially stand in comparison with microbiological culture based methods, in order to facilitate progression to antimicrobial therapy that is more specifically, avoiding the overuse of antibiotics in neonatal ICU.porSepseReação em Cadeia da Polimerase MultiplexTécnicas de Diagnóstico MolecularSepsisMultiplex Polymerase Chain ReactionMolecular Diagnostic TechniquesDesenvolvimento e aplicação de um teste PCR multiplex para a detecção rápida dos principais patógenos bacterianos na sepse neonatal precoceinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisPalhares, Durval BatistaSilva Junior, Walter Peresinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFMSinstname:Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS)instacron:UFMSTHUMBNAILWalter Peres da Silva Junior.pdf.jpgWalter Peres da Silva Junior.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1252https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/2917/4/Walter%20Peres%20da%20Silva%20Junior.pdf.jpgf77ca25cc661b3982b1c425308708fbbMD54ORIGINALWalter Peres da Silva Junior.pdfWalter Peres da Silva Junior.pdfapplication/pdf4619762https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/2917/1/Walter%20Peres%20da%20Silva%20Junior.pdf9124b2848009e72c8d97240789f87401MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/2917/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52TEXTWalter Peres da Silva Junior.pdf.txtWalter Peres da Silva Junior.pdf.txtExtracted texttext/plain0https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/2917/3/Walter%20Peres%20da%20Silva%20Junior.pdf.txtd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD53123456789/29172021-09-30 15:56:35.818oai:repositorio.ufms.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufms.br/oai/requestri.prograd@ufms.bropendoar:21242021-09-30T19:56:35Repositório Institucional da UFMS - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Desenvolvimento e aplicação de um teste PCR multiplex para a detecção rápida dos principais patógenos bacterianos na sepse neonatal precoce
title Desenvolvimento e aplicação de um teste PCR multiplex para a detecção rápida dos principais patógenos bacterianos na sepse neonatal precoce
spellingShingle Desenvolvimento e aplicação de um teste PCR multiplex para a detecção rápida dos principais patógenos bacterianos na sepse neonatal precoce
Silva Junior, Walter Peres
Sepse
Reação em Cadeia da Polimerase Multiplex
Técnicas de Diagnóstico Molecular
Sepsis
Multiplex Polymerase Chain Reaction
Molecular Diagnostic Techniques
title_short Desenvolvimento e aplicação de um teste PCR multiplex para a detecção rápida dos principais patógenos bacterianos na sepse neonatal precoce
title_full Desenvolvimento e aplicação de um teste PCR multiplex para a detecção rápida dos principais patógenos bacterianos na sepse neonatal precoce
title_fullStr Desenvolvimento e aplicação de um teste PCR multiplex para a detecção rápida dos principais patógenos bacterianos na sepse neonatal precoce
title_full_unstemmed Desenvolvimento e aplicação de um teste PCR multiplex para a detecção rápida dos principais patógenos bacterianos na sepse neonatal precoce
title_sort Desenvolvimento e aplicação de um teste PCR multiplex para a detecção rápida dos principais patógenos bacterianos na sepse neonatal precoce
author Silva Junior, Walter Peres
author_facet Silva Junior, Walter Peres
author_role author
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Palhares, Durval Batista
dc.contributor.author.fl_str_mv Silva Junior, Walter Peres
contributor_str_mv Palhares, Durval Batista
dc.subject.por.fl_str_mv Sepse
Reação em Cadeia da Polimerase Multiplex
Técnicas de Diagnóstico Molecular
Sepsis
Multiplex Polymerase Chain Reaction
Molecular Diagnostic Techniques
topic Sepse
Reação em Cadeia da Polimerase Multiplex
Técnicas de Diagnóstico Molecular
Sepsis
Multiplex Polymerase Chain Reaction
Molecular Diagnostic Techniques
description Introdução: A sepse ainda é uma das principais causas de morbidade e mortalidade no período neonatal. Quando a etiologia da sepse é bacteriana o diagnóstico confirmatório depende de exames microbiológicos baseados em hemoculturas que, apesar de serem ainda consideradas o padrão-ouro, demoram de 48 a 72 horas para oferecer resultados, além de possuirem baixa sensibilidade. Objetivo: Padronizar um novo método molecular, através da técnica de reação em cadeia da polimerase em tempo real multiplex (PCRtr), capaz de um inferir diagnóstico rápido e específico dos principais agentes na sepse bacteriana neonatal precoce (SNP). Metodologia: O estudo foi desenvolvido no período de setembro de 2013 a fevereiro de 2014. Amostras de sangue de recém-nascidos internados nas UTI neonatais da SCCG, HRMS e HU foram coletadas e analisadas através do método PCRtr heptaplex para detecção de Streptococcus agalactiae, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter sp., Serratia sp. e Staphylococcus aureus. Também foi incluído o primer universal nas análises. Resultados: Foram estudados 150 recém-nascidos com sepse clínica e 10 recémnascidos controles saudáveis. Do grupo com sepse clínica 100% apresentaram positividade para presença de DNA genômico bacteriano através do primer universal. O grupo controle apresentou negatividade no PCRtr e na hemocultura. As hemoculturas do grupo com sepse foi negativa em 97% dos casos. A análise das curvas da PCRtr heptaplex demonstrou que 76% das amostras foram positivas para Escherichia coli, 34,7% para Staphylococcus aureus, 13,3% para Streptococcus agalactiae, 7,3% para Pseudomonas aeruginosa e 0,7% para Enterobacter sp. e Serratia sp., cada um . A PCRtr heptaplex dos pacientes com sepse clínica foram microbiologicamente confirmadas no sangue em 8,1% das amostras. A taxa de concordância entre o PCRtr heptaplex e a hemocultura positiva pela mesma bactéria foi de 75%. Discussão: Os resultados confirmam uma maior taxa de positividade do PCRtr em comparação com os métodos baseados em cultura. A taxa de concordância das hemoculturas positivas com a detecção da mesma bactéria no PCRtr heptaplex está de acordo com o encontrado na literatura. Foi encontrado um predomínio de bactérias gram-negativas entre o total, corroborando o achado em outras populações semelhantes em países em desenvolvimento. Conclusão: O desenvolvimento deste novo teste baseado em PCRtr multiplex para a detecção rápida e sensível de importantes patógenos causadores de SNP pode potencialmente se sobressair em comparação com os métodos microbiológicos baseados em cultura, com o objetivo de facilitar a progressão para um terapia antimicrobiana que seja mais específica, evitando o uso abusivo de antibióticos nas UTI neonatais.
publishDate 2015
dc.date.issued.fl_str_mv 2015
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2016-09-20T01:04:02Z
dc.date.available.fl_str_mv 2021-09-30T19:56:35Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/2917
url https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/2917
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFMS
instname:Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS)
instacron:UFMS
instname_str Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS)
instacron_str UFMS
institution UFMS
reponame_str Repositório Institucional da UFMS
collection Repositório Institucional da UFMS
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/2917/4/Walter%20Peres%20da%20Silva%20Junior.pdf.jpg
https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/2917/1/Walter%20Peres%20da%20Silva%20Junior.pdf
https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/2917/2/license.txt
https://repositorio.ufms.br/bitstream/123456789/2917/3/Walter%20Peres%20da%20Silva%20Junior.pdf.txt
bitstream.checksum.fl_str_mv f77ca25cc661b3982b1c425308708fbb
9124b2848009e72c8d97240789f87401
8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33
d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFMS - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS)
repository.mail.fl_str_mv ri.prograd@ufms.br
_version_ 1834467111925186560