Caracterização genética do vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV - 1), na zona de influência do hospital geral de Santo António, S.A.

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Main Author: Correia, Cristina Maria Bacelar de Oliveira
Publication Date: 2006
Format: Master thesis
Language: por
Source: Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)
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Summary: Tese mestrado genética molecular
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spelling Caracterização genética do vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV - 1), na zona de influência do hospital geral de Santo António, S.A.577.21616.97Tese mestrado genética molecularNeste estudo, procedeu-se à caracterização genética de amostras de pacientes infectados com HIV-1, sob tratamento com drogas anti-retrovíricas e seguidos no Hospital Geral de Santo António, Porto. A genotipagem destas amostras foi realizada recorrendo a dois sistemas comerciais ViroSeqTM HIV-1 Genotyping System version 2.0 (Applied Biosystems, Foster City, Calif.) e Trugene HIV-1 Genotyping Kit / OpenGene DNA Sequencing System (Bayer Healthcare, USA). Dos 95 pacientes subtipados, 72.6% (69 pacientes) estavam infectados por HIV-1 subtipo B, o subtipo predominante na Europa, estando os restantes infectados por subtipos não-B. O subtipo C foi identificado em 4 pacientes. Também foram encontrados pacientes infectados pelo HIV-1 subtipo F (1/95) e pelas formas recombinantes CRF02_AG (1/95) e CRF06_cpx (1/95). Relativamente a 18 pacientes, identificados como estando infectados por subtipos não-B, será ainda necessário sequenciar o gene env para definir se a infecção é por HIV-1 subtipo G ou pela forma recombinante CRF14_BG. Nas infecções por subtipos não-B observou-se uma maior prevalência de mutações associadas à resistência a PIs e NRTIs, relativamente às infecções por subtipo B. Em relação a NNRTIs não foram observadas diferenças significativas. Nas infecções não-B também foi encontrada uma maior prevalência de polimorfismos em determinadas posições, nomeadamente na 13, 14, 35, 41, 69, 89, da região protease e na 60, 123, 173, 174, 177, 196, 200, 207, 211 e 245, na região transcriptase reversa do gene pol. Os resultados obtidos são concordantes com a demonstrada diversidade genética do HIV-1, em permanente expansão. Nos subtipos não-B, com uma incidência crescente nos países europeus, principalmente naqueles com ligações a África, foi encontrada uma maior frequência de determinadas mutações associadas à resistência a drogas antiretrovíricas bem como de certos polimorfismos. Assim, a monitorização desta diversidade genética é de extrema importância para o conhecimento da realidade das estirpes circulantes, e sua implicação clínica e terapêutica.In the present study we characterized the HIV-1 genetic profile present in samples from HIV-1 infected patients submitted to antiretroviral regimens and followed in Hospital Geral de Santo António, Porto. HIV-1 genotyping was performed with two commercial systems: ViroSeqTM HIV-1 Genotyping System version 2.0 (Applied Biosystems, Foster City, Calif., USA); and TRUGENE HIV-1 Genotyping kit/OpenGene DNA sequencing System (Bayer Healthcare, USA). Of the 95 patients genotyped, 72.6% (69 patients) were found to harbour HIV-1 subtype B, the predominant subtype in Europe, while the remaining were infected by non-B subtypes. Subtype C was identified in 4 patients. We also found patients infected by HIV-1 subtype F (one patient) and the recombinant forms CRF02_AG (one patient) and CRF06_cpx (one patient). Eighteen patients were found to harbour either subtype G or the recombinant form CRF14_BG. For these patients, it will be necessary to sequence the env gene to reach a final subtyping. The results show that infections by non-B subtypes carry more frequently mutations associated with resistance to PIs and NRTIs, than infections by B subtypes, whereas no significant difference was found for mutations associated with resistance to NNRTIs. A similar difference was found for polymorphisms in certain positions (codons 13, 14, 35, 41, 69 and 89 of the protease region, and codons 60, 123, 173, 174, 177, 196, 200, 207, 211 and 245 of the reverse transcriptase region of the pol gene) which were found to be significantly more frequent among non-B subtypes. In conclusion, the results observed are in accordance with the known expanding genetic variability of HIV-1. It was found that non-B subtypes, which show an increasing frequency in Europe, particularly in countries with historical relations with Africa, carry a higher prevalence of certain resistance associated mutations and certain polymorphisms. Thus, the monitorization of this genetic variability is of extreme importance not only to the epidemiological study of the circulating HIV-1 strains, but also to evaluate clinical and therapeutical implications.Cabeda, José ManuelPinho, LucianaUniversidade do MinhoCorreia, Cristina Maria Bacelar de Oliveira2006-04-102006-04-10T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/1822/6210porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)instname:FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologiainstacron:RCAAP2024-05-11T05:57:58Zoai:repositorium.sdum.uminho.pt:1822/6210Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireinfo@rcaap.ptopendoar:https://opendoar.ac.uk/repository/71602025-05-28T15:36:30.673385Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP) - FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologiafalse
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