Interatómica da cavidade oral

• Main Author: Soares, André do Nascimento Gonçalves
• Publication Date: 2014
• Format: Master thesis
• Language: por
• Source: Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)
• Download full: http://hdl.handle.net/10400.14/16160
• topic: Proteínas da cavidade oral; OralOme; Domínios de interação; Interações proteína-proteína; Interatómica; Interação hospedeiro-patogéneo; Oral cavity proteins; Interaction domains; Protein-protein interactions; Interatomic; Host-pathogen interaction

A cavidade oral humana é um ecossistema complexo onde fatores do hospedeiro, microbianos e ambientais interagem num equilíbrio dinâmico. A compreensão da biologia da cavidade oral e dos distúrbios que a afetam depende de ferramentas bioinformáticas que permitam a compilação, integração e aplicação da informação gerada por técnicas de alto rendimento, como as técnicas de proteómica, que se dedica à identificação de todas as proteínas expressas. A compreensão dos mecanismos moleculares que se desenrolam na cavidade oral assenta na interação entre as moléculas presentes. O conhecimento destes mecanismos tem aplicações na fisiologia e fisiopatologia do sistema cavidade oral. No sentido de responder à necessidade de estudar os genes e proteínas de forma integrada, dando realce às interações estabelecidas, começaram a ser desenvolvidas bases de dados de interatómica que incluem interações conhecidas e previstas através de algoritmos, associando-lhe um índice de confiança. O nosso trabalho contribuiu para o aperfeiçoamento de um algoritmo que permite a determinação de interações proteína-proteína. É utilizada a informação estrutural e de interações anteriormente determinadas entre os vários domínios das proteínas. Este estudo tem como objetivo analisar, interpretar e explorar os resultados da aplicação do algoritmo OralInt ao conjunto de proteínas identificado por técnicas de proteómica como presentes na cavidade oral utilizando a base de dados OralOme, assim como verificar se algumas das interações descritas na bibliografia e determinadas experimentalmente na cavidade oral, se encontram presentes nas previsões e validar os resultados através de uma análise da literatura. O desenvolvimento de ferramentas bioinformáticas que permitam a proposta de interações proteína-proteína, na cavidade oral, pode fornecer uma enorme quantidade de informação que vai assumir implicações na compreensão dos mecanismos moleculares dos processos que ocorrem na cavidade oral em situações fisiológicas e patológicas. Só com o conhecimento dos microrganismos que habitam a cavidade oral, das moléculas por eles produzidas e das interações destas com as do hospedeiro, podemos chegar ao entendimento molecular total.