Feature extraction and selection analysis in biological sequence: a case study with metaheuristics and mathematical models

• Ano de defesa: 2020
• Autor(a) principal: Bonidia, Robson Parmezan
• Orientador(a): Sanches, Danilo Sipoli
• Banca de defesa: Carvalho, Andre Carlos Ponce de Leon Ferreira de , Sanches, Danilo Sipoli , Lopes, Fabricio Martins
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: eng
• Instituição de defesa: Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Cornelio Procopio
• Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Bioinformática
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: Machine learning; Mathematical models; Heuristic programming; Aprendizado do computador; Modelos matemáticos; Programação heurística
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO
• Link de acesso: http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/5301

O número de sequências biológicas disponíveis aumentou em grandes quantidades nos últimos anos, devido a vários projetos de sequenciamento genômico, criando um alto volume de dados. Consequentemente, novos métodos computacionais são necessários para a análise e extração de informações a partir dessas sequências. Métodos de aprendizado de máquina têm apresentado ampla aplicabilidade em biologia computacional e bioinformática. A aplicação desses métodos tem ajudado a extrair informações relevantes de vários conjuntos de dados biológicos. No entanto, ainda existem vários problemas desafiadores que motivam novas propostas de algoritmos e pipelines. Portanto, este trabalho propõe um pipeline genérico de aprendizado de máquina para análise de sequência biológica, seguindo duas etapas principais: (1) extração e (2) seleção de características. Essencialmente, concentramos nosso trabalho no estudo de técnicas de redução de dimensionalidade e extração de recursos, usando metaheurísticas e modelos matemáticos. Como estudo de caso, analisamos sequências de RNAs longos não codificantes. Além disso, dividimos esta dissertação em duas partes: Teste Experimental I (seleção de características) e Teste Experimental II (extração de características). Os resultados experimentais indicam quatro contribuições principais: (1) Um pipeline com 5 metaheurísticas diferentes, usando um esquema de votação e rodadas de execução, ao problema de seleção de características em sequências biológicas; (2) A eficiência metaheurística, proporcionando desempenho de classificação competitiva; (3) Um pipeline de extração de recursos usando 9 modelos matemáticos e (4) sua generalização e robustez para classificação de sequências biológicas distintas.