Modelagem, integração e análise exploratória de dados públicos de mirtrons

• Ano de defesa: 2018
• Autor(a) principal: Fonseca, Bruno Henrique Ribeiro da
• Orientador(a): Paschoal, Alexandre Rossi
• Banca de defesa: Paschoal, Alexandre Rossi , Vicente, Fabio Fernandes da Rocha , Nunes, Francis de Morais Franco
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso embargado
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Tecnológica Federal do Paraná; Cornelio Procopio
• Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Bioinformática
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: Banco de dados; Células - Mecanismos de controle; Mineração de dados (Computação); Data bases; Cellular control mechanisms; Data mining
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA
• Link de acesso: http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/4507

MicroRNAs (miRNAs) são uma das classes de RNAs não-codificantes (ou do inglês non-coding RNA - ncRNAs) mais estudadas na literatura. Essa classe de pequenos ncRNAs atua no controle celular de diversos processos biológicos, por meio de seu papel regulatório pós-transcricional nos níveis de RNA mensageiro na célula. Em geral, para que miRNAs tornem-se maduros e aptos a executar seu papel regulatório, é necessário que duas clivagens ocorram em sua biogênese canônica. Estudos realizados em Drosophila melanogaster e Caenorhabditis elegans descreveram uma subclasse de miRNAs que utilizam um meio alternativo à primeira etapa de sua biogênese, os chamados mirtrons. Em suma, os mirtrons utilizam o processo de splicing como alternativa à primeira clivagem, e então prosseguem as demais etapas do processo biogênico canônico. Mirtrons localizam-se em pequenos introns e são associados a diversos processos regulatórios, como o de potencial silenciador de genes causadores de doenças em vertebrados e reguladores no processo de fotossíntese em plantas. Apesar de existirem diversos estudos sobre mirtrons, seus dados estão disponíveis de maneira dispersa, sem qualquer organização ou repositório para consulta. Diferenciar comparativamente miRNAs e mirtrons permite que sejam criadas abordagens em biologia computacional capazes de auxiliar estudos biológicos em ncRNAs. Deste modo, este trabalho apresenta duas principais contribuições: (i) desenvolver um repositório amigável sobre dados públicos de mirtrons; e (ii) realizar análise exploratória de modo a comparar e investigar características capazes de distingui-los de miRNAs. Tais contribuições permitem, portanto, a inclusão de uma nova camada na compreensão sobre mirtrons, bem como nas pesquisas sobre miRNAs.