Identificação e uso de CNVs na seleção genômica de vacas leiteiras criadas em regiões tropicais

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Silva, Sofia Andrade e
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Copy number variation; Dairy cattle; Gado leiteiro; GEBV; GWAS; Variação do número de cópias
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-10122021-171455/

O uso e descobertas de novas metodologias no melhoramento têm favorecido o progresso genético. No entanto, não há relatos científicos sobre a associação de variação do número de cópias (CNVs) com características influenciadas pelo estresse térmico (sob clima tropical), principalmente com enfoque genômico, o que torna indispensável o desenvolvimento de trabalhos neste segmento. Diante disso, foram utilizadas informações genotípicas de 389 vacas genotipadas com chip de média densidade (50k SNP). Os fenótipos foram ajustados aos efeitos fixos e aleatórios por meio de um modelo linear, e posteriormente foram calculados os valores genéticos genômicos. A detecção foi realizada utilizando o algoritmo PennCNV, desenvolvido com base nos modelos ocultos de Markov (HMM). Um total de 1.231 CNVs foram identificados no genoma das vacas leiteiras, posteriormente foram identificadas 219 regiões de variação do número de cópias (CNVRs), utilizadas na associação com as características de produção de leite, ácidos graxos e gordura, na população. A detecção de CNVs foi realizada por meio do algoritmo PennCNV, e as CNVRs pelo pacote do R, denominado de CNVRanger. Foram encontrados 2 CNVs significamente associados à produção de leite. Adicionalmente, o desdobramento deste projeto continuará contribuindo para o progresso científico no estudo genômico em bovinos leiteiros.