Uma ferramenta para a visualização de ESTs

• Ano de defesa: 2007
• Autor(a) principal: Dias, Delane Pereira de Oliveira
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: BLAST; ESTs; Grafo; Graph; TG Wikibrowser; Visualização; Visualization
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-08052007-100008/

Expressed Sequence Tags (ESTs) são amostras de trechos de genes, que funcionam como moldes na síntese de proteínas. Como a quantidade de ESTs coletados nos últimos anos é muito grande, o uso de computadores tornou-se imprescindível para a identificação de genes, proteínas e para a descoberta de genes homólogos. Este trabalho propõe uma metodologia e implementa uma ferramenta para a visualização de ESTs através de um grafo para auxiliar biólogos na exploração e na descoberta de conhecimento sobre estas seqüências. A metodologia inclui agrupamento usando um programa montador de seqüências e, conseqüentemente, a transformação dos grupos em nós de um grafo. O algoritmo BLAST é usado para procurar alinhamentos entre seqüências, representando-os posteriormente por arestas entre as seqüências mais similares. Para a visualização do grafo utilizamos e modificamos a ferramenta TG WikiBrowser conectada a um banco de dados. O resultado é uma ferramenta interativa baseada em código livre e robusto que funciona em ambientesWindows e Linux. Ela possibilita a fácil exploração do grafo, com diversas funcionalidades como, por exemplo: a expansão e filtragem do grafo, a busca por rótulos ou trechos de seqüências e a visualização detalhada de seqüências e grupos de seqüências. Com isso, os biólogos e especialistas em bioinformática ganham mais uma alternativa de investigação da genética