Análise comparativa de genomas de estirpes de Streptococcus suis isoladas de suínos no Brasil

• Ano de defesa: 2020
• Autor(a) principal: Matajira, Carlos Emilio Cabrera
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Antimicrobial resistance profile; Genome sequencing; Genotipagem molecular; Molecular genotyping; Perfil de resistência aos antimicrobianos; Perfil de virulência; Sequenciamento de genoma; Serotyping; Sorotipagem; Virulence profile
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-18012021-101329/

Streptococcus suis é um patógeno de grande importância na indústria suína sendo capaz de provocar diferentes quadros clínicos em animais de várias idades e, além disso, também é considerado um agente zoonótico. Dessa forma, é de extrema importância a caracterização das estirpes que causam doença em suínos no Brasil. Os objetivos deste estudo foram a caracterização fenotípica e genotípica de 215 estirpes de S. suis isoladas entre os anos de 2001 e 2016, de suínos com sinais clínicos de infecção, provenientes de diferentes Estados do Brasil. Para tanto, as estirpes isoladas neste período e mantidas a -86C foram reativadas e submetidas à confirmação da identificação por PCR e espectrometria de massa MALDI-TOF. Em seguida, foi realizada sorotipagem molecular e a identificação de genes de virulência pela PCR, e a foi realizada a genotipagem pelas técnicas de AFLP e PFGE. Para a identificação dos perfis de resistência aos antimicrobianos foi utilizada a técnica de microdiluição em caldo, obtendo os valores de concentração inibitória mínima (CIM). A partir dos resultados fenotípicos e genotípicos foram selecionadas 24 estirpes para o sequenciamento do genoma utilizando a plataforma Illumina® MiSeq. O sorotipo mais frequentemente identificado foi o 2 / ½ (82,8%); seguido em menor proporção pelos sorotipos 3, 4, 6, 7, 8, 9, 18, 27, 28, 1 / 14, sendo apenas seis estirpes não tipaveis (NT). Para caracterização do perfil de virulência foram avaliados quatro genes sly, arcA, epf e as variantes de mrp sendo identificados 11 perfis de virulência nas estirpes estudadas. A genotipagem por AFLP identificou 30 perfis genotípicos e a técnica de PFGE identificou 64 pulsotipos. Para ambas as técnicas não foi identificada uma correlação clara entre dados epidemiológicos e genotípicos, mas pode-se observar uma tendência de agrupamento das estirpes por ano de isolamento. A partir dos resultados de CIM foram identificados nove perfis de susceptibilidade aos antimicrobianos com 72,1% das estirpes classificadas como multirresistentes. Foram detectadas altas taxas de resistência às tetraciclinas, macrolídeos, clindamicina e sulfadimetoxina, enquanto beta-lactâmicos e florfenicol foram os antimicrobianos mais eficazes. A partir da análise genômica não foram detectados marcadores de plasmídeos e apenas três genes de resistência foram identificados nos genomas brasileiros; destaca-se o gene ermB, que codifica resistência à macrolídeos e lincosamidas, que foi detectado em 79,2% das estirpes estudadas. Foram identificadas oito novas sequências de alelos na MLST e uma nova combinação alélica, de tal forma que foram identificadas seis novas sequências tipo (STs) dentre os 24 genomas analisados. A partir do mapeamento das nove estirpes do sorotipo 2 foi identificado um elemento genético móvel (CMGETZ080501), relacionado à resistência aos antimicrobianos, em sete destas; as duas estirpes Brasileiras do sorotipo 2 que se diferenciam das demais (45 e 47) foram as mais sensíveis. Em relação às cinco estirpes do sorotipo 3, foi observado no mapeamento que duas destas se distanciam das demais e apresentam maior similaridade ao genoma da referência do sorotipo 4. Este resultado também foi verificado tanto na wgSNP quanto na análise da MLST, confirmando que a caraterização capsular de S. suis não deve ser utilizada como um indicativo de similaridade genética. Tendo em vista a variabilidade genética e a alta frequência de multirresistência identificada nas estirpes de S. suis circulantes no país, é possível avaliar as razões para que o controle do agente continue sendo um grande desafio para a suinocultura intensiva nacional.