Análise multigênica de rotavírus do grupo A em aves de criações comerciais brasileiras

• Ano de defesa: 2017
• Autor(a) principal: Beserra, Laila Andreia Rodrigues
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Aves; Avian; Codons; Códons; Genotipos; Genotypes; Recombinação; Recombination; Rotavirus; Rotavírus
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-27072017-154258/

Os rotavírus, membros da família Reoviridae, são uma importante causa de diarreia em mamíferos e aves. São partículas icosaédricas não envelopadas e seu genoma é formado por 11 segmentos de RNA fita dupla que codificam seis proteínas estruturais e seis proteínas não estruturais. O objetivo deste estudo foi caracterizar os genes codificadores das proteínas não estruturais (NSP1-5) e estruturais (VP1-4, VP6-7) dos rotavírus do grupo A em aves de criações comerciais (corte, postura, matrizeiros e avozeiros) localizadas em 12 estados brasileiros, seguido de análises de recombinação e pressão de seleção das amostras definidas. Um total de 226 amostras fecais foram triadas através de reações de RT-PCR tendo como alvo a amplificação da VP6 e NSP5. A frequência de ocorrência, baseada em cada uma destas provas, variou de 9,7% a 18,14%, respectivamente. Em seguida, 10 das amostras positivas foram processadas com primers específicos visando a amplificação dos demais genes, seguido do sequenciamento nucleotídico e filogenia baseada no método de maximum likelihood, tendo como modelos de substituição GTR (NSP1-3, VP1-3, VP4, VP6, VP7) e HKY (NSP4, NSP5) e 1.000 repetições de bootstrap. Foram definidas sequências parciais para os genes codificadores da VP1-4, VP6-7 e NSP1-4 e sequências completas para NSP5. As respectivas árvores demonstraram que as dez amostras definidas se agruparam em clados aviários previamente descritos. Duas constelações genotípicas foram caracterizadas: G19-P[31]-I11-R6-C6-M7-A16-N6-T8-E10-H8 e G19-P[31]-I4-R4-C4-M4-A16-N4-T4-E4-H4. Estes genotipos são tipicamente encontrados em aves, mas quando analisados em conjunto, esta é a primeira descrição destas constelações. Eventos de recombinação foram observados nos genes NSP2, VP1, VP3 e VP7. Pelo menos um códon com pressão de seleção positiva foi encontrado nos genes codificadores das proteínas NSP1, VP2 e VP3. Este estudo propicia um melhor entendimento acerca da epidemiologia e diversidade viral circulante nas criações aviárias brasileiras, servindo de base para o estabelecimento de medidas profiláticas mais eficazes.