Desenvolvimento baseado em modelos de serviços adaptadores para ferramentas de bioinformática

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Waldemarin, Ricardo Cacheta
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Analysis tools; Bioinformática; Bioinformatics; Desenvolvimento orientado a modelos; Ferramentas de análise; Model driven development; Serviços web; Web services
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-20012022-222829/

Um experimento in silico envolve a execução de um conjunto de atividades de análise normalmente suportadas por uma ou mais ferramentas dedicadas. Estas ferramentas são, em geral, produzidas como programas de linha de comando executados localmente. Um serviço web pode ser criado de modo a adaptar uma ferramenta de análise existente, provendo ao usuário uma interface web adequada e invocando de maneira transparente a ferramenta de análise sobre os dados submetidos. Porém, o desenvolvimento de serviços web adaptadores requer conhecimentos técnicos específicos pouco comuns a bioinformatas em geral e biologistas em particular. Adicionalmente, a falta de um modelo de referência para guiar o desenvolvimento destes serviços leva a proliferação de serviços de análise com diferentes características, o que dificulta o maior reúso dos serviços desenvolvidos.Nesse cenário, a disponibilidade de processos de desenvolvimento que facilitem a obtenção de um serviço adaptador maduro e padronizado facilitada é altamente desejável. Por esta razão, este trabalho teve por objetivo investigar o uso de abordagens de desenvolvimento baseadas em modelos para o suporte ao desenvolvimento e à utilização de serviços web de análise em bioinformática. Nesse sentido, este trabalho propõe inicialmente um modelo de referência para serviços de análise em bioinformática, de modo a guiar o desenvolvimento desses serviços e obter interfaces RESTful maduras. Em seguida, o trabalho propõe um processo de desenvolvimento orientado a modelos para serviços de análise adaptadores, seus clientes e descrições, e provê uma infraestrutura de suporte para esse processo de desenvolvimento. Por fim, o processo de desenvolvimento proposto foi aplicado à reengenharia de um repositório de serviços para a realização de análises de expressão gênica, obtendo um novo conjunto de serviços mais maduros e com menor esforço de desenvolvimento que aquele despendido na criação dos serviços iniciais. Acreditamos que este trabalho fomenta o desenvolvimento de serviços de análise em bioinformática ao permitir ao especialista do domínio a produção de serviços adaptadores maduros, bem como de seus clientes e suas descrições, mais rapidamente.