Avaliação de painel gênico expandido baseado em sequenciamento de nova geração aplicado à análise de correlações genótipo-fenótipo em neoplasia endócrina múltipla do tipo 1

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Carvalho, Rafael Arrabaça de
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Diagnóstico genético; Doenças raras; Genetic diagnosis; Genetic sequencing; Multiple endocrine neoplasia type 1; Neoplasia endócrina múltipla tipo 1; Next generation sequencing; Rare diseases; Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala; Sequenciamento genético
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5135/tde-19012023-121121/

A neoplasia endócrina múltipla tipo 1 (MEN1) é uma síndrome genética de herança autossômica dominante que predispõe ao risco aumentado de desenvolvimento de diversos tumores endócrinos e não endócrinos. É causada, principalmente, por mutação germinativa no gene MEN1 (11q13). Outros genes (CDKN2B/p15, CDKN2C/p18 CDKN1A/p21, CDKN1B/p27Kip1 e AIP) foram, posteriormente, relacionados ao fenótipo MEN1 em menos de 5% dos casos negativos para mutação germinativa MEN1. Pacientes com mutação nestes genes ou sem nenhuma mutação germinativa documentada são conhecidos como indivíduos MEN1(-). Nosso grupo de pesquisa padronizou e validou recentemente um mini painel genético baseado em sequenciamento paralelo em larga escala (NGS, Next Generation Sequencing) desenhado a partir de PCR longa (long range PCR) que proporcionou o sequenciamento completo (exons, fronteira intron-exon, regiões intrônicas profundas e região promotora) de todos estes genes simultaneamente (MEN1, CDKN2B/p15, CDKN2C/p18 CDKN1A/p21, CDKN1B/p27Kip1 e AIP). Estudos controversos e divergentes não têm sido capazes de documentar correlações entre casos com mutações no gene MEN1 (genótipo) e seu fenótipo. Mais recentemente, vem sendo mais bem delineada uma outra forma de análise de correlação genótipo-fenótipo em MEN1 caracterizada pelas diferenças clínicas e de evolução entre casos com e sem mutação germinativa MEN1. Tem sido demonstrado que indivíduos MEN1(-) tem peculiaridades fenotípicas e evoluções diferentes baseado em estudos com casuísticas limitadas e que não foram plenamente estudadas geneticamente. Neste estudo nós investigamos correlações genótipo-fenótipo em casos-índices clinicamente diagnosticados com MEN1 usando este mini painel de 6 genes baseado em PCR long range. A casuística foi constituída por 143 casos-índices com MEN1, sendo 87 deles portadores de mutação germinativa MEN1 e 56 casos-índices sem mutação germinativa MEN1, detectada por sequenciamento (Sanger/NGS) ou por MLPA (MEN1, CDKN1B/p27Kip1 e AIP). Destes 56 casos-índices, 40 deles eram também negativos para o mini painel NGS. Ao todo, 34 de 48 caraterísticas clínicas avaliadas eram diferentes (p<0,05) na comparação de 87 casos-índices portadores de mutação com 40 indivíduos MEN1(-) e 22 (22/34, 65%; 0,05/34 = p, 0,00147) permaneceram diferentes após correção de Bonferroni (p < 0,00147). Todas as 34 características foram reproduzidas e intensificadas na comparação de 56 MEN1(-) com casos mutados adicionada a associação do diagnóstico < 21 anos com estes últimos. Assim, de 35 características diferentes (p < 0,05), 26 permaneceram diferentes após correção de Bonferroni (p < 0,00142). Todos os pacientes com associações HPT (hiperparatireoidismo primário) 45 anos (a)/PIT (adenoma de hipófise) 30a/dp-NET (tumor neuroendócrino duodenal ou pancreático) 30a (13), HPT/PIT/dp-NET/história familial positiva (15), HPT multiglandular 45a/PIT 30a (9), prolactinoma 30a/história familial positiva (10), com diagnóstico de MEN1 <21y ou documentado com pd-NET multifocal ou com dois tipos de pd-NET ou com NET de timo ou de pulmão tinham mutação germinativa MEN1. Além disso, casos com mutação foram associados com probabilidade significativamente mais elevada de HPT multiglandular (127x), terem 3 tumores relacionados a MEN1 (56x), dp-NETs (41,6x), neoplasias malignas (19x), tumor adrenocortical (7,5x), história familial positiva (6x), sexo masculino (4,7x), prolactinoma (2,8x) e microadenoma de hipófise (2,5x). Em contraste, todos casos-índices diagnosticados com HPT uniglandular >45y eram MEN1(- ) (15). Casos MEN1(-) foram associados com probabilidade aumentada de associação HPT>45a/PIT >30a (30x), acromegalia (18x), HPT/PIT (18x), HPT>45a (16x), MEN1>45a (13x), e PIT>30a (4x). Além disso, durante o seguimento de 10,262±0,79 anos (SE) (8,85-11,67 anos), nenhum caso MEN1(-) foi diagnosticado com um 3o tumor relacionado à MEN1 (0/39 vs. 18/47, 38%; p< 0,0001) ou evoluíram com tumores malignos. De fato, dp-NET foi o 3o tumor mais frequente (12/19; 63,1%) em pacientes com mutação MEN1, seguido de PIT (6/19, 31,6%) e HPT (1/19; 5,3%). A sobrevida relacionada a doença era menor em casos com mutação (p=0,025) uma vez que foram associados com uma taxa mais elevada de mortalidade relacionada à MEN1 (1/56, 1,8% vs. 12/87, 16%; p< 0,0001). Corroborando com isso, nove pacientes foram diagnosticados (7) ou progrediram com dp-NET maligno (2) sendo que um 10o caso foi diagnosticado como NET tímico durante o seguimento. Análise de regressão logística multivariada permitiu a construção de um modelo de probabilidade predita baseado em cinco características clínicas (história familial presente/ausente; 45 anos < idade 45 anos; sexo, três ou dois tumores principais, tumor adrenal) úteis para predizer risco de presença/ausência de mutação MEN1 mediante um dado fenótipo na avaliação inicial de casos-índices diagnosticados clinicamente com MEN1. O uso de um painel NGS avaliando os principais genes associados com MEN1(-) MEN1 possibilitou uma definição mais rigorosa da nossa população garantindo que as MEN1(-) do presente estudo não tinham quaisquer mutações nestes genes conhecidos e fortalece a necessidade de mais estudos para investigar outros genes associados a este fenótipo. Nós discriminamos e refinamos diferenças fenotípicas e de evolução clínica entre casos-índices portadores de mutação germinativa MEN1 e MEN1(-) com ausência de mutações pelo painel de 6 genes. Foi possível reconhecer e revelar o risco isolado e integrado de diversos preditores clínicos de prenunciar tanto a ausência como a presença de mutação que nos permitiu construir um modelo de probabilidade predita de aplicação potencial na prática clínica que necessitará ser validado em outras populações. A análise completa de genes conhecidos pode auxiliar na identificação de casos-índices candidatos para estudos de exomas, discriminar melhor as diferenças de fenótipo entre casos com e sem mutações conhecidas e aperfeiçoar tanto o aconselhamento genético como o manejo clínico, seguimento e tratamento de casos-índices portadores de mutação e de MEN1(-)