Método automático de determinação de clados utilizando algoritmo de detecção de comunidades

• Ano de defesa: 2013
• Autor(a) principal: Mansour, Eva Reda Moussa
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Clade identification; Distance methods; Filogenia; Identificação de clados; Identificação de comunidades; Método de otimalidade; Métodos de distância; Optimality methods; Phylogeny; União de filogenias em rede; Union of phylogenies in networks
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/82/82131/tde-24012014-105240/

Análises filogenéticas são bastante utilizadas para a compreensão das relações existentes entre objetos biológicos, beneficiando as investigações em vários campos das ciências da vida. Vários métodos computacionais para reconstruir filogenias tem sido desenvolvidos. Em geral, os métodos que fornecem filogenias mais confiáveis, requerem significativamente maior tempo computacional, restringindo a aplicação deles a conjuntos de dados relativamente pequenos. Por outro lado, a utilização de conjuntos de dados maiores é fundamental para proporcionar uma amostragem que seja suficiente, para restringir as incongruências na identificação de clados em uma filogenia. Este trabalho propõe uma abordagen (denominada CladeNet) de reamostragem de filogenias, obtidas por algoritmos relativamente eficientes, a fim de melhorar a identificação de clados. Experimentos com sete conjuntos de dados, que variam de dezenas a centenas de sequências de DNA mostram que, em geral, clados encontrados pela abordagem proposta tornam-se mais confiavéis, conforme os tamanhos dos conjuntos de sequências aumentam, com um moderado aumento do tempo computacional relativamente moderado. Além disso, o CladeNet é um método que também inova ao identificar clados de forma automáticamente por meio de um algoritmo de identificação de comunidades em redes.