Diversidade genômica das cepas de Mycobacterium tuberculosis da região centro de Moçambique

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Namburete, Evangelina Inácio
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Drug­-resistant; Filogenia; Moçambique; Mozambique; Mycobacterium tuberculosis; Phylogeny; Resistência às drogas; Sequenciamento genômico; Whole genome sequencing
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17138/tde-13082021-080322/

O sequenciamento genômico total (WGS) descreve de forma abrangente a epidemiologia molecular da tuberculose (TB) através da detecção de variantes de sequência genômica, para predizer os fenótipos de TB resistente às drogas (DR-TB) e, dessa forma, orientar a tomada de decisões clínicas. Identifica, ainda, linhagens e guia à vigilância da TB e permite o reconhecimento de cepas geneticamente relacionadas facilitando, assim, a compreensão de cadeias de transmissão, permitindo direcionar os esforços de controle da TB no mundo. Este é um dos primeiros estudos utilizando WGS, o qual descreve as cepas de Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) causadoras de DR-TB na cidade da Beira, região central de Moçambique, onde a frequência da TB­-DR tem aumentado nos últimos cinco anos. O objetivo deste estudo foi descrever a diversidade genética de cepas de M. tuberculosis causadoras de DR­-TB na Beira. Um total de 35 cepas obtidas de isolados da Beira, foram avaliadas utilizando testes genotípicos de susceptibilidade (MTBDRplusTM e MTBDRslTM) e submetidos à WGS. A análise de WGS incluiu identificação de variantes, identificação de mutações de resistência às drogas, análise filogenética e investigação de relações entre as cepas com base em diferença nos single nucleotide polymorphism (SNP). Este foi um estudo descritivo transversal. Os 35 isolados que foram analisados pertencem a três das sete principais linhagens de M. tuberculosis: Linhagem 4: 25 (71,4%); Linhagem 1: 5 (14,3%) e Linhagem 2 que inclui família Beijing: 5 (14,3%). Dos 35 isolados que foram analisados pelo WGS, 32 (91,6%) apresentaram alguma resistência às drogas, sendo 1 (3,1%) XDR-­TB e 5 (15,6%) cepas pré­-XDR : 2 da linhagem 4 sub-­linhagem 3 Latin-­American-Mediterranean (LAM) e 1 de Lineage 2 família Beijing. Também demonstramos que algumas cepas estavam intimamente relacionadas, evidenciando três possíveis cadeias de transmissão neste grupo estudado.