Detalhes bibliográficos
| Ano de defesa: |
2023 |
| Autor(a) principal: |
Rugolo, Juliana Machado |
| Orientador(a): |
Não Informado pela instituição |
| Banca de defesa: |
Não Informado pela instituição |
| Tipo de documento: |
Tese
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| Tipo de acesso: |
Acesso aberto |
| Idioma: |
por |
| Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
Não Informado pela instituição
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| Palavras-chave em Português: |
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| Link de acesso: |
https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-09052023-120416/
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Resumo: |
O câncer de pulmão (CP) é um dos tumores malignos mais comuns e uma das principais causas de morte relacionada ao câncer no mundo. O CP é classificado histologicamente em dois grupos: Carcinoma Pulmonar de Pequenas Células (CPPC) e Carcinoma Pulmonar de Células não Pequenas (CPCNP), sendo este o responsável por 85% dos carcinomas primários de pulmão. Um dos principais desafios do CP é o seu diagnóstico tardio, no qual a doença se encontra em estágio avançado impedindo o tratamento curativo. Uma melhor compreensão da patogênese da doença é necessária para auxiliar o diagnóstico, a seleção do melhor tratamento e o desenvolvimento de novas modalidades terapêuticas, a fim de melhorar os resultados do paciente. Com o advento da tecnologia do Sequenciamento de Nova Geração (NGS) uma compreensão abrangente da patogênese molecular da doença foi alcançada e novos biomarcadores emergiram para auxiliar no manejo da doença, oferecendo terapias eficazes e menos tóxicas. O objetivo geral deste trabalho foi avaliar o perfil de alteração genética em CPCNP utilizando a técnica de NGS, principalmente, a alteração de genes envolvidos no processo biológico conhecido como Transição Epitélio Mesenquimal (EMT). Os objetivos específicos foram: Traçar o perfil imunológico do CPCNP utilizando a imunofluorescência multiplex e correlacionar os achados com o perfil de alteração genética relacionado à EMT; Investigar a influência de variantes não-codificantes do gene PD-L1 em amostras de CPCNP e correlacionar com expressão proteica e as características clinicopatológicas; Estimar a frequência de mutação no gene EGFR, com destaque para as mutações de significado clínico incerto no CPCNP. A extração de DNA total de 70 amostras de CPCNP foi realizada a partir do kit QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany). A qualidade das amostras foi avaliada utilizando Qubit® 3.0 Fluorometer (Invitrogen, Life Technologies, CA, USA). O sequenciamento foi realizado através da plataforma de NGS Illumina MiSeq V2 (2x 150, paired-end) e as bibliotecas genômicas foram construídas a partir do TruSeq Custom Amplicon v1.5 kit (TSCAP, Illumina, SanDiego, CA). Variantes genéticas com frequência populacional maior que 1% (popfreq_all >0,01) foram consideradas variantes germinativas e menor que 1% foram classificadas como variantes somáticas. As variantes encontradas foram comparadas com resultados depositados em bancos de dados públicos. Os resultados obtidos para cada objetivo específico foram compilados em três artigos. Artigo 1) Foram encontradas frequências semelhantes de mutações nos genes codificadores de proteínas de checkpoint imunológico e genes relacionados à EMT em nossa coorte e na coorte do TCGA. Os genes mais frequentemente mutados em nossa coorte foram ZEB2 (n = 10; 14%), MMP2 (n = 4; 6%), ZEB1 (n = 2; 3%), CDH1 (n = 2; 3%) e CD44 (n = 2; 3%), todos envolvidos em EMT. Além disso, a variante CTLA4 rs231775 com genótipo AA foi associada a menor sobrevida global (SG), quando comparado ao alelo G (HR = 2,091, IC de 95% = 0,233-2,219, P = 0,05). Artigo 2) As variantes de PD-L1 estudadas não interferiram na expressão da proteína, no entanto, as variantes rs4742098A>G, rs4143815G>C e rs7041009G>A foram associadas à recidiva da doença (P=0,01; P=0,05; P=0,02, respectivamente). No modelo de regressão de Cox, o genótipo GG da variante rs7041009 influenciou a SG (P<0,01), atuando como um fator co-dependente associado à radioterapia e recidiva em pacientes com CPCNP. Artigo 3) A taxa geral de mutação foi de 32,9%, dos quais 20,0% dos casos abrigavam mutações clássicas envolvendo os exons 18-21 do EGFR. Mutações abrangendo outros exons foram identificadas em 12,9% dos casos. 11 variantes foram classificadas como de significado clínico desconhecido. Destas, cinco foram previstas como patogênicas de acordo com análises in silico. Conclui-se que este trabalho contribui na compreensão da patogênese do câncer de pulmão e destaca a importância da utilização do NGS e ferramentas computacionais no manejo clínico de pacientes portadores de CPCNP |
