PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas

• Ano de defesa: 2013
• Autor(a) principal: Oliveira, Liliane Santana
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: ambiente gráfico; annotation; anotação; graphic platform; processamento; processing
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04022014-074453/

A evolução das tecnologias de sequenciamento de DNA tem permitido a elucidação da sequência genômica de um número cada vez maior de organismos. Contudo, a obtenção da sequência nucleotídica do genoma é apenas a primeira etapa no estudo dos organismos. O processo de anotação consiste na identicação as diferentes regiões de interesse no genoma e suas funcionalidades. Várias ferramentas computacionais foram desenvolvidas para auxiliar o processo de anotação, porém nenhuma delas permite ao usuário selecionar sequências, processá-las de forma a encontrar evidências a respeito das regiões genômicas, como predição gênica e de domínios protéicos, analisá-las gracamente e adicionar informações a respeito de suas regiões em um mesmo ambiente. Assim, o objetivo desse projeto foi o desenvolvimento de uma plataforma gráca para a anotação genômica que permite ao usuário realizar as tarefas necessárias para o processo de anotação em uma única ferramenta integrada a um banco de dados. A idéia é proporcionar ao usuário liberdade para trabalhar com o seu conjunto de dados, possibilitando a seleção de sequências para análise, construção dos pipelines processamento das mesmas e análise dos resultados encontrados a partir de visualizador que permite ao usuário adicionar in- formações às regiões e fazer a curadoria das sequências. A ferramenta resultante é facilmente extensível, permitindo o acoplamento modular de novas funcionalidades de anotação e sua estrutura permite ao usuário trabalhar tanto com projetos de sequências expressas como anotação de genomas.