Estudo de expressão gênica em citros utilizando modelos lineares

• Ano de defesa: 2010
• Autor(a) principal: Ferreira Filho, Diógenes
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Bioconductor; Citrus; DNA - Análise; empirical Bayes method; Expressão gênica; FDR; fixed linear model; Frutas cítricas - Experimentos; Inferência bayesiana; Limma package.; Macroarray; Microarray; Modelos lineares.; software R
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-16032010-111945/

Neste trabalho apresenta-se uma revisão da metodologia de experimentos de microarray relativas a sua instalação e análise estatística dos dados obtidos. A seguir, aplica-se essa metodologia na análise de dados de expressão gênica em citros, gerados por um experimento de macroarray, utilizando modelos lineares de efeitos fixos considerando a inclusão ou não de diferentes efeitos e considerando ajustes de modelos para cada gene separadamente e para todos os genes simultaneamente. Os experimentos de macroarray são similares aos experimentos de microarray, porém utilizam um menor número de genes. Em geral, são utilizados devido a restrições econômicas. Devido ao fato de terem sido utilizados poucos arrays no experimento analisado neste trabalho foi utilizada uma abordagem bayesiana empírica que utiliza estimativas de variância mais estáveis e que leva em consideração a correlação entre as repetições do gene dentro do array. Também foi utilizado um método de análise não paramétrico para contornar o problema da falta de normalidade para alguns genes. Os resultados obtidos em cada um dos métodos de análise descritos foram então comparados.