Evolução genômica dos Medusozoa (Cnidaria), com ênfase em elementos repetitivos nos Scyphozoa

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Santander, Mylena Daiana
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Cnidaria; DNA satélite; Elementos de transposição; Elementos repetitivos; Genômica; Genomics; Repetitive elements; Satellite DNA.; Transposition elements
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-11112022-151353/

Uma parcela significativa dos genomas de eucariotos é composta por uma grande diversidade de elementos repetitivos, conhecidos coletivamente como repitoma. Apesar de anteriormente considerado dispensável, o repitoma ganhou importância revivida na atualidade devido ao seu potencial como fonte de novidades evolutivas. Medusozoa é uma linhagem antiga, amplamente distribuída que abriga um terço da diversidade de Cnidaria. Este clado é caracterizado pela existência de ciclos de vida complexos que, juntamente com os planos corporais, apresentam marcada plasticidade. Como em outros grupos de metazoários basais, as informações relacionadas à sua organização genômica e seu repitoma são escassas, uma lacuna que procuramos preencher. Primeiro, revisamos diferentes fontes de informações genéticas e genômicas, incluindo registros citogenéticos e projetos de sequenciamento de alto rendimento (HTS). Destacamos a falta de padronização em projetos genômicos que podem afetar potencialmente as inferências evolutivas. Em seguida, restringimos nossa análise à classe Scyphozoa que abriga ca. 242 espécies. A disponibilidade de dados genômicos de cifozoários combinada com as suas características biológicas variáveis e genomas relativamente pequenos e ricos em DNA repetitivo, os tornam sistemas de estudo adequados para o estudo da evolução do repitoma. Com base no uso de conjuntos de dados HTS, realizamos uma análise comparativa do conteúdo repetitivo de 12 espécies de Scyphozoa que apresentaram uma variação de 11 vezes no tamanho do genoma. Pela primeira vez, realizamos uma caracterização detalhada do conteúdo de satélites em Scyphozoa e encontramos alta variação no número de famílias de satélites por espécie e suas características (abundância, GC%, comprimento do monômero). Além disso, observamos que genomas maiores tinham porcentagens mais altas de elementos de transposição (TEs: ∼20-35%; satellites: ∼3-10%), enquanto genomas menores eram geralmente dominados por satélites ou mostravam proporções semelhantes de ambos os elementos (TEs: ∼2 -25%; satellites: ∼1-22%). Propomos tendências gerais sobre o repitoma de Scyphozoa e as implicações da abundância e diversidade de diferentes elementos de transposição na evolução de seus genomas.