Análise bioinformática e caracterização funcional de RNAs longos não-codificadores envolvidos na progressão do melanoma

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Siena, Ádamo Davi Diógenes
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Biomarcador; Biomarker; Differential genes; Differential methylated regions; Drug resistance; Genes diferencialmente expressos; Invasão; Invasion; Long non-coding RNAs; Melanoma; Progressão tumoral; Regiões diferencialmente metiladas; Resistência tumoral; RNAs longos não-codificadores; Tumor progression; Vemurafenib
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-04102021-152128/

O melanoma representa cerca de 5% dos cânceres de pele, mas corresponde a 80% das mortes de pacientes acometidos. Quando detectado precocemente, tem grande chance de ressecção, mas em um cenário de metástase seu prognóstico é ruim. Ele é bem conhecido por alguns aspectos de sua agressividade e metástase, mas ainda é pouco compreendido como os ncRNAs podem impactá-lo. Os lncRNAs são transcritos de 200 nucleotídeos de comprimento, que não codificam proteínas e recentemente demonstraram papéis importantes na melanomagenesis. Neste estudo, exploramos lncRNAs diferencialmente expressos usando diferentes conjuntos de dados, incluindo nosso experimento de RNA-Seq prévio, e encontramos candidatos a lncRNA potencialmente impactando o melanoma. Nesta ocasião, apresentamos 3 lncRNAs que encontramos com expressão gênica desregulada e que exploramos posteriormente. Primeiro, uamos RNA-Seq e análises de bioinformática para investigar o lncRNA ZEB1-AS1 (ZEB1 antisense RNA 1) em amostras de melanoma. Este lncRNA apresentou maior expressão em melanoma metastático do que em melanoma primário e foi associado a mutações hotspot no gene BRAF e em genes da família RAS. Além disso, demonstrou uma correlação positiva na expressão gênica com sua contraparte codificadora ZEB1 (zinc finger E-box binding homeobox 1) em melanomas primários e metastáticos. Então, usando assinaturas de expressão gênica indicativas de fenótipos invasivos ou proliferativos, encontramos a superexpressão de ZEB1-AS1 associada positivamente ao perfil invasivo e negativamente associada ao perfil proliferativo. Além disso, realizamos a mesma análise no inédito lncRNA U73166, e decidimos dissecar funcionalmente seus efeitos no melanoma. Portanto, realizamos silenciamento deste transcrito e exploramos mais profundamente seus efeitos na proliferação, migração e invasão. Assim, descobrimos que o novo lncRNA U73166 impacta todos esses processos tumorais e, além disso, está associado à resistência ao Vemurafenib no melanoma. Essa resistência ao fármaco demonstra um aspecto promissor para que o lncRNA U73166 seja um importante biomarcador ou alvo no tratamento do melanoma. Além disso, combinamos nosso conjunto de dados de RNA-Seq e dados públicos de metilação de amostras melanocíticas para verificar os genes que abrigariam tanto a expressão diferencial do gene quanto as regiões de DNA diferencialmente metiladas. Deste modo, encontramos o novo lncRNA PRAME-AS1, um transcrito anti-sentido do crucial mRNA específico do melanoma PRAME, que atende tanto a expressão diferencial do gene quanto a região diferencialmente metilada. Esse resultado utilizando dados de metilação e expressão gênica do lncRNA PRAME-AS1 sugere uma possível correlação de regulação gênica mediada por metilação de regiões promotoras. Nossos resultados, portanto, sugerem potenciais lncRNAs que afetam o desenvolvimento e a progressão do melanoma. Portanto, este estudo pode ser útil para pesquisas futuras, pois demonstra lncRNAs impactando o melanoma e que podem ser úteis como biomarcadores de agressividade, terapia direcionada e no manejo da resistência adquirida a medicamentos.