Detalhes bibliográficos
| Ano de defesa: |
2024 |
| Autor(a) principal: |
Mélo, Alícia Lie de |
| Orientador(a): |
Não Informado pela instituição |
| Banca de defesa: |
Não Informado pela instituição |
| Tipo de documento: |
Tese
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| Tipo de acesso: |
Acesso aberto |
| Idioma: |
por |
| Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
Não Informado pela instituição
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| Palavras-chave em Português: |
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| Link de acesso: |
https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-13112024-184644/
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Resumo: |
A cana-de-açúcar é amplamente reconhecida por sua utilização na produção de açúcar e bebidas alcoólicas, mas também desempenha um papel crucial na geração de energia como biocombustível, carvão e outros materiais combustíveis. Dada essa diversidade de aplicações, desenvolver plantas com características mais adaptadas para cada finalidade é estratégico para aumentar a eficiência na produção desses produtos. Tal estratégia envolve o conhecimento das redes de regulação do metabolismo, bem como o desenvolvimento de ferramentas biotecnológicas para rearranjar as conexões da rede de forma a produzir uma planta com as características desejadas. Para isso, é necessário caracterizar a região promotora, o que pode ser feito a partir da análise da composição dos sítios de ligação dos fatores de transcrição nela presentes. Este tipo de estudo pode ser dividido em duas abordagens: i) detecção de sítios de ligação de fatores de transcrição com motivos conhecidos, e ii) descoberta ab initio de motivos. Essas duas abordagens foram combinadas em um pipeline de análise da região promotora, no qual o promotor é definido como uma região de 800 bp à montante do TSS e as sequências foram mascaradas para regiões de baixa complexidade. O software FIMO foi utilizado para detectar motivos conhecidos descritos no banco de dados PlantTFDB. A nova análise de descoberta ab initio de motivos foi baseada em um trabalho anterior desenvolvido em nosso grupo e foi melhorada com etapas adicionais de filtragem para garantir resultados mais confiáveis. Para relacionar a expressão gênica com a arquitetura promotora, foi desenvolvido um script que seleciona arquiteturas de promotores com base na clusterização dos perfis de expressão. Além disso, um conjunto de genes responsivos à seca e outro conjunto expressos em folha foram analisados usando esse protocolo, resultando na identificação de arquiteturas de promotores candidatas relacionadas à resposta à seca e específicas do tecido foliar, com potencial aplicação biotecnológica na cana-de-açúcar. |
