Caracterização de processos evolutivos de vírus de RNA a partir de padrões deixados nas filogenias virais

• Ano de defesa: 2014
• Autor(a) principal: Freire, Caio César de Melo
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: bioinformática; bioinformatics; evolução de vírus; filogenias; genomas de RNA; molecular evolution; rearranjos; reassortment; recombinação; recombination; RNA virus; viral evolution
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21012015-165014/

No presente trabalho, investigamos a filodinâmica de três modelos virais diferentes, utilizando técnicas baseadas em verossimilhança e inferência bayesiana. Dois desses são flavivírus com genoma de RNA fita simples e senso positivo. O terceiro é um bunyavírus com genoma tri-segmentado de RNA fita simples com senso negativo. Estes diferentes modelos permitiram estudar diferentes mecanismos promotores de diversidade viral, reagrupamento de segmentos genômicos (shift) e mutação (drift), que atuam em diferentes granularidades. Descrevemos pela primeira vez o espalhamento geográfico das linhagens de vírus Zika (ZIKV) em um nível continental, assim como ocorrência de recombinação e associação entre padrões de glicosilação e vetores. Para o flavivírus da encefalite transmitida por carrapatos (TBEV), investigamos seu espalhamento e encontramos evidências que corroboram a hipótese de circulação viral restrita a focos na Europa central. As análises sobre o vírus da Febre da Grande Fenda Africana (RVFV) apontaram a ocorrência de reagrupamento de segmentos genômicos e também ajudaram a elucidar sua dispersão do leste do continente africano para o oeste, encontrando-se diversas introduções no Senegal e Mauritânia. Aparentemente, este vírus teve a entrada facilitada nesses países por uma região que funciona como um centro de dispersão (hub) por ser encontro de rotas migratórias de animais. Ademais, investigamos a ocorrência de rearranjos de segmentos genômicos de RVFV e também estudamos as diferenças nas dinâmicas evolutivas de cada segmento.