| Resumo: |
Modernas tecnicas de biologia molecular sao utilizadas para quantificar os niveis de expressao genica de amostras celulares, frequentemente submetidas a diferentes condicoes experimentais. A genomica funcional e a area da bioinformatica responsavel pela caracterizacao do papel funcional dos genes e processos biologicos associados. A analise de expressao genica requer o uso (integrado) de diversas ferramentas de analise para a obtencao de respostas as questoes biologicas de interesse. Uma plataforma de analise pode ser utilizada para facilitar a integracao sintatica e semantica destas ferramentas. Tal plataforma deve oferecer acessibilidade, reprodutibilidade e transparencia, de modo a promover a colaboracao e a disseminacao da pesquisa cientifica. A plataforma SemanticSCo foi concebida para prover suporte a composicao semantica de servicos de analise de expressao genica. Contudo, esta plataforma, em sua versao standalone, apresenta baixa acessibilidade, alem de nao prover suporte para a reproducao e o compartilhamento dos workflows desenvolvidos por seus usuarios. O principal objetivo deste projeto foi ampliar a acessibilidade da plataforma SemanticSCo, bem como introduzir suporte para a reproducao e compartilhamento de workflows. Como resultado principal, desenvolvemos uma nova versao da plataforma SemanticSCo, chamada SemanticSCo Web. A plataforma SemanticSCo Web possui uma interface simples e amigavel, contribuindo para o desenvolvimento colaborativo de pesquisa cientifica reproduzivel no dominio da genomica funcional. Adicionalmente, desenvolvemos uma API chamada SIBRI para permitir a execucao automatica, via framework Activiti, de servicos RESTful modelados como processos BPMN. O uso desta API facilita a integracao de aplicacoes desenvolvidas na linguagem Java e que fazem uso de servicos RESTful, dado que esta API prove suporte a interacao com o usuario em um ambiente web para que o mesmo possa prover valores de parametros que serao utilizados na execucao de um dado servico. Desta forma, a API SIBRI simplifica a incorporacao de novos servicos na plataforma SemanticSCo Web. |
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