Identificação de sequências motifs e elementos regulatórios em ATAC-Seq peaks associados à expressão gênica e à deposição de gordura intramuscular em bovinos da raça Nelore

• Ano de defesa: 2020
• Autor(a) principal: Morosini, Natalia Silva
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Bos indicus; ATAC-Seq; Gene expression; Gordura intramuscular; Intramuscular fat; Regulação gênica
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-04052020-112141/

Gordura intramuscular (GIM) representa o conteúdo de gordura acumulada entre as fibras ou dentro das células musculares e vem sendo associada à maciez da carne. Compreender os mecanismos funcionais que regulam GIM tornou-se uma questão importante tanto para a indústria de carne quanto para a saúde humana. A regulação do genoma envolve todas as peculiaridades da expressão gênica, incluindo as modificações bioquímicas do DNA, o arranjo físico dos cromossomos e a ativação do mecanismo de transcrição. Neste estudo, a técnica Assay for Transposase-Accessible Chromatin (ATAC-Seq) foi realizada para caracterizar as regiões de acessibilidade da cromatina do músculo Longissimus dorsi de espécies bovinas (Bos indicus). Em um segundo momento, a análise de associação foi realizada entre essas regiões e os motivos candidatos e elementos reguladores associados à deposição e composição de GIM. O método ATAC-seq identificou 18.942 regiões acessíveis à cromatina e regiões reguladoras candidatas. Analisando os ATAC-Seq peaks nas regiões reguladoras de 10.117 genes co-expressos, observamos 506 motivos descritos em bancos de dados e associados à deposição intramuscular de gordura. Nosso estudo forneceu novas ideias sobre o processo de regulação do genoma que podem ajudar a entender melhor os mecanismos bioquímicos subjacentes a diferentes características fenotípicas relevantes para o mercado, para a sociedade e para a ciência.