Caracterização genômica do Betacoronavirus SARS-CoV-2 para compreensão da distribuição de linhagens e padrões de espalhamento geográfico no estado do Rio Grande do Sul e no território brasileiro

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Franceschi, Vinicius Bonetti
• Orientador(a): Thompson, Claudia Elizabeth
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Palavras-chave em Português: SARS-CoV-2; Betacoronavirus; Rio Grande do Sul
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/10183/248042

Em dezembro de 2019, um novo coronavírus foi detectado em pacientes com síndrome respiratória aguda grave em Wuhan, China. Este Betacoronavirus, denominado Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), espalhou-se rapidamente pelo mundo, de modo que a Organização Mundial da Saúde (OMS) declarou estado de pandemia em março de 2020. Após o sequenciamento do primeiro genoma completo do vírus, esforços internacionais sem precedentes foram estabelecidos por meio do banco de dados GISAID, permitindo o acompanhamento em tempo real da evolução viral, bem como seu espalhamento geográfico em níveis locais, regionais, nacionais e globais. Nesse sentido, este trabalho objetivou realizar análises genômicas de amostras isoladas de SARS-CoV-2 a fim de compreender a distribuição de mutações e linhagens virais em nível municipal (Esteio, Rio Grande do Sul [RS], Brasil), estadual (RS) e nacional (Brasil). Para este fim, sequenciamos 21 amostras do município de Esteio na primeira fase da epidemia (maio a outubro de 2020), demonstrando a presença principal das linhagens B.1.1.28 e B.1.1.33, a caracterização inicial da linhagem P.2 no estado e a contribuição principal da região Sudeste para a difusão destas linhagens para o sul do Brasil. Subsequentemente, analisamos 56 genomas de 13 municípios do RS em período de aumento de hospitalizações e mortes (março de 2021), demonstrando a rápida difusão da variante P.1 (Gama) para o estado a partir de múltiplas introduções vindas principalmente do Norte, bem como descrevendo as mutações e a difusão geográfica da sublinhagem P.1.2. Finalmente, utilizamos 2.732 genomas de todo o território brasileiro no primeiro ano da epidemia (entre fevereiro de 2020 e 2021), descrevendo esforços de sequenciamento heterogêneos temporal e espacialmente, a rápida substituição das linhagens B.1.1.28 e B.1.1.33 por P.1 e P.2 e complexos padrões filogeográficos, nos quais algumas linhagens se espalham principalmente de modo intra-estadual e, outras, interestadual. Portanto, ao utilizar dados epidemiológicos e genomas completos do SARS-CoV-2 dos pacientes locais e de um conjunto representativo da diversidade viral mundial, caracterizamos as mutações virais observadas, a abundância de linhagens, bem como compreendemos padrões de espalhamento geográfico no território Brasileiro.