Análise filogenômica de transferência horizontal em genomas de Drosophila

• Ano de defesa: 2013
• Autor(a) principal: Carvalho, Marcos Oliveira de
• Orientador(a): Loreto, Élgion Lúcio da Silva
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Palavras-chave em Português: Drosophila; Genoma
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/10183/78162

A descoberta dos elementos genéticos móveis na década de 40 representa a formação de um novo paradigma no campo da genética, onde existe a formação de uma abordagem dinâmica à interpretação do genoma de organismos eucarióticos e procarióticos. A presença de elementos de transposição em praticamente todos os seres vivos indica a sua origem ancestral e indica a importância dos processos de transposição como mecanismo evolutivo. Apesar de em muitos casos os elementos de transposição apresentarem-se como agentes de processos deletérios, sua atividade também está ligada a diversos eventos adaptativos incluindo a formação de novos genes, regulação gênica e constituição estrutural do genoma. Com o recente desenvolvimento de novas tecnologias de sequenciamento, que possibilitaram a expansão massiva do número de genomas completos sequenciados, acumulou-se um grande número de dados de sequência que permitem a comparação direta entre diferentes genomas e assim a realização de análises específicas em larga escala sobre a evolução dos elementos de transposição. Este trabalho utilizou 12 genomas completos de espécies de Drosophila para comparações em larga escala entre genes e transposons, analisando diferentes variáveis evolutivas. Através dessas comparações foi possível identificar padrões específicos de sequências de elementos de transposição em relação às sequências gênicas do genoma hospedeiro. Especificamente, um grande número de sequências de elementos de transposição apresentam valores de Ks significantemente inferiores aos valores de Ks encontrados em sequências gênicas, ao mesmo tempo que apresentam alta similaridade da sequência de DNA. Contudo, em média a sequência de proteína destas mesmas sequências tende a possuir similaridade menor que as sequências gênicas da respectiva comparação. É possível distinguir dois tipos de padrão evolutivo nas sequências de elementos de transposição, o primeiro relacionado a sequências com alta similaridade, baixo valor de Ks e Ka. Tais sequências são provavelmente derivadas de eventos de transposição recente. Um segundo padrão é caracterizado por sequências com alta similaridade, baixo valor de Ks e valor de Ka superior ao encontrado no genoma, gerando sequências com grande valor de Ka/Ks, mas fortemente conservadas, indicando uma possível seleção positiva em sequências de elementos de transposição sujeitos a recente transferência horizontal.