Análises em larga escala de proteínas e construção de redes biológicas com foco em estudos de cromossomos B

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Nakajima, Rafael Takahiro [UNESP]
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: proteomica; cromossomo extra; RNA mensageiro; RNA codificante; ciclídeo africano; proteomic; extra chromosome; messenger RNA; coding RNA; African cichlids
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/182324

Os cromossomos B ocorrem em cerca de 2.828 espécies de diferentes táxons, sendo basicamente heterocromáticos e compostos de DNAs repetitivos. Recentemente, análises genômicas em larga escala estão sendo utilizadas para elucidar questões acerca dos cromossomos supranumerários. Os peixes ciclídeos recebem grande interesse científico, uma vez que muitas espécies passaram por um rápido e extenso processo de radiação adaptativa. Em algumas espécies do grupo, como Astatotilapia latifasciata, foi descrita a presença de cromossomos B. Neste trabalho foi caracterizado o perfil de expressão proteico em tecidos específicos na A. latifasciata e realizada análise funcional da presença do cromossomo B nesta espécie de teleósteo, elucidando a influência que este pode acarretar em vias metabólicas específicas. Além disso, esses dados foram integrados com os resultados de RNA-Seq dessa espécie, e construídas sub redes de co-expressão e interação proteína-proteína. Também foi calculada a entropia de Shannon, a qual não apresentou diversidade na expressão dos transcritos em cada biblioteca comparada. Além disso, foi analisada a expressão diferencial de RNAm em cada tecido em relação a presença do cromossomo B e ao sexo. Dentre os transcritos diferencialmente expressos, a análise de enriquecimento funcional apresentou processos relacionados ao ciclo celular, resposta imune e resposta ao estresse. Na maioria dos casos analisados entre a expressão de proteínas, os transcritos up regulated e as sub redes, apareceram os genes Aurora quinase, tubulina e proteína de cinetócoro que estão relacionados ao controle do ciclo celular. Os resultados obtidos, de forma geral, não apresentaram grande alteração no perfil proteico ou gênico relacionado a presença do cromossomo B, apesar de identificar proteínas e genes putativos para as vias do GnRH (Gonadotropin-Releasing Hormone), do ciclo celular e do estresse. Contudo, essa alteração no perfil de expressão sugere regulação mais sutil e pontual. Portanto, o cromossomo B pode atuar na regulação de processos vitais para sobrevivencia da célula e faciliatr sua manutenção e transmição para as proximas gerações.