Mapeamento de microssatélites funcionais de sorgo (EST-SSR) em cana-de-açúcar

• Ano de defesa: 2016
• Autor(a) principal: Brito, Silvan Gomes de [UNESP]
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: Colinearidade; Genes ortólogos; Microssatélites; Mapeamento comparativo; Marcador molecular; Collinearity; Orthologous genes; Comparative mapping; Molecular markers; Microsatellites
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/143053

O genoma do sorgo tem sido utilizado como referência em estudos de genômica funcional e comparativa em cana-de-açúcar. A utilização do genoma do sorgo, em estudos de mapeamento comparativo, tem contribuído para auxiliar a detecção de QTL (locus de caracteres quantitativos) em cana-de-açúcar. Marcadores microssatélites de sorgo podem ser empregados no mapeamento comparativo com a cana-de-açúcar, assim como, o desenvolvimento de marcadores microssatélites a partir de sequências ortólogas conservadas (COS - Conserved Orthologous Sequences) podem servir de “marcadores âncoras” entre estas duas espécies. No presente trabalho, marcadores microssatélites de sorgo foram incorporados em um mapa prévio de ligação derivado do cruzamento entre o clone IACSP95-3018 e a cultivar IACSP93-3046, ambos do Programa de Melhoramento Genético de Cana-de-Açúcar do Instituto Agronômico de Campinas (IAC). Paralelamente, um conjunto de marcadores microssatélites obtidos a partir da identificação de sequências expressas ortólogas conservadas (COS) entre cana-de-açúcar e sorgo foram desenvolvidos e avaliados quanto ao seu potencial de polimorfismo e mapeamento em cana-de-açúcar. Os marcadores obtidos também foram utilizados para identificar associações putativas aos parâmetros de qualidade (Fibra% e Pol%Cana). Um total de 41 pares de microssatélites COS-EST-SSRs foi desenhado, dos quais 34 produziram amplicons em um grupo de 24 genótipos de Saccharum e Sorghum. O número de alelos variou de 2 a 15 com valor médio de PIC (conteúdo de informação de polimorfismo) de 0,71. Os 29 pares de primers de microssatélites de sorgo, juntamente com os 41 pares de primers COS-EST-SSRs genotipados na população de mapeamento produziram um total de 120 marcadores polimórficos, dos quais 92 segregaram em dose única. Destes 92, 52 (56,5%) foram incorporados ao mapa prévio originando 138 grupos de ligação agrupados em 12 grupos de homologia. A maioria das associações entre marcadores e o caractere Pol%Cana detectadas por meio da análise de marcas simples foram de efeito positivo contribuindo para o aumento deste caractere sendo apenas duas com contribuição negativa. De forma geral, os marcadores derivados de sorgo foram promissores no mapeamento da população aqui apresentada.