Detalhes bibliográficos
| Ano de defesa: |
2021 |
| Autor(a) principal: |
Santos, Lucas Albuquerque dos |
| Orientador(a): |
Não Informado pela instituição |
| Banca de defesa: |
Não Informado pela instituição |
| Tipo de documento: |
Dissertação
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| Tipo de acesso: |
Acesso aberto |
| Idioma: |
eng |
| Instituição de defesa: |
Universidade Estadual Paulista (Unesp)
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
Não Informado pela instituição
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| Palavras-chave em Português: |
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| Link de acesso: |
http://hdl.handle.net/11449/234942
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Resumo: |
A evolução da biblioteca de DNA satélite é um campo de pesquisa muito relevante, pois a composição e o arranjo dessas sequências têm impacto na arquitetura do genoma e seu papel funcional ainda é pouco conhecido. Existe uma dificuldade em estudar esse tipo de material genético. Devido às limitações tecnológicas, o sequenciamento genômico moderno tende a subestimar a quantidade de DNA repetitivo e isso desafia uma análise mais precisa. No entanto, um excelente trabalho tem sido desenvolvido com a disseminação de sequenciamentos de alta cobertura, permitindo uma investigação mais aprofundada das espécies e comparação entre os grupos. Este trabalho propõe uma contribuição envolvendo a investigação da hipótese da biblioteca de DNA satélite e sua evolução em concerto em nível intraespecífico usando 16 populações da espécie de pulgão praga agrícola Acyrthosiphon pisum. Esta espécie, que carrega cromossomos holocêntricos, é caracterizada por sua especialização em diferentes plantas hospedeiras, tornando-se um modelo chave para análise populacional e diferenciação genética. Aqui, usamos a plataforma RepeatExplorer para prospectar famílias de DNA de satélite em genomas de A. pisum disponíveis no banco de dados NCBI. Construímos uma biblioteca com sequências confiáveis e comparamos a abundância e divergência dessa biblioteca em cada genoma e também em 3 outras espécies de afídeos com o software RepeatMasker. Descobrimos que a maioria das famílias de satélites são compartilhadas entre os biótipos e espécies irmãs, mas com variedade marcada em abundância e homogeneização. Também analisamos a abundância desta biblioteca em montagens cromossômicas de leitura longa de uma linhagem e encontramos um maior acúmulo de famílias de satélites no cromossomo X. Nossos resultados contribuem com a literatura recente no entendimento da evolução da biblioteca de DNA satélite em geral e neste importante modelo. Palavras-chave: DNA repetitivo, diferenciação genômica, cromossomo holocêntrico, bioinformática |
