Estudo de associação genômica ampla e estimativas de parâmetros genéticos para resistência ao Ichthyophthirius multifiliis em tambaqui (Colossoma macropomum)

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Lira, Lieschen Valeria Guerra [UNESP]
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: Melhoramento genético; Colossoma macropomum; Ichthyophthirius multifiliis; Genética quantitativa; GWAS
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/204802

O Tambaqui (Colossoma macropomum) é a principal espécie nativa produzida na América latina, contudo sua produção é afetada pela infestação do parasita Ichthyophthirius multifiliis, o que causa surtos de mortalidade resultando em importantes perdas econômicas. Os tratamentos atuais têm sido ineficazes para o controle desta doença e muitas vezes resultam poluentes para o meio ambiente. Diante desta perspectiva, a seleção genética para resistência ao I. multifiliis é uma proposta sustentável, pois resultaria numa prática com menor contaminação ao meio ambiente e muito mais eficiente a longo prazo na produção do tambaqui. O objetivo do presente trabalho foi estimar parâmetros genéticos da resistência ao I. multifiliis, além da integração de análises genômicas para a genotipagem de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) correlacionados com esta característica. Para isto, foram formadas 8 famílias de tambaqui, as quais foram desafiadas por um experimento de coabitação com o parasita I. multifiliis. As variáveis analisadas foram a sobrevivência (SS), o tempo de morte (TD) e a carga parasitária (PL). Obteve-se variação fenotípica significativa entre as famílias para o SS (16 a 100%) e o TD (217 a 254 horas pós coabitação). Além do mais, foram estimados altos valores de herdabilidade para SS e TD (0,46 ± 0,09 e 0,60 ± 0,18, respectivamente). No entanto, não tivemos valores significativos para PL. Após várias etapas de filtragem, a genotipagem do SNP por dupla digestão do DNA associado ao sítio de restrição (ddRAD-seq) revelou um total de 7.717 SNPs em 119 indivíduos, que foram usados para GWAS pelo GBLUP de etapa única (ssGBLUP) e método de Bonferroni. As análises genômicas resultaram em quatro SNPs sugestivos detectados (três para TD e um para PL) em quatro grupos de ligação (2, 9, 11 e 20) que cruzaram o limiar de Bonferroni em todo o cromossomo. Esses SNPs foram aplicados para mapear QTLs, encontrando 11 genes candidatos (abcf3, znf830, ccr9, gli3, ackr4, tbata, ndr2, tgfbr3, nhej1, znf644b, cldn10a) que provavelmente estão envolvidos na resistência à infestação por I. multifiliis. Os resultados apresentados neste estudo sugerem que a resistência a I. multifiliis em tambaqui pode ser melhorada através de programas de melhoramento genético e esta característica é considerada poligênica com várias regiões genômicas de menor efeito afetando a variância genética total.