Comparação de métodos de construção de haplótipos em estudo de associação genômica ampla com dados simulados

• Ano de defesa: 2018
• Autor(a) principal: Arce, Cherlynn Daniela da Silva
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: estudos de associação; haplótipos; intervalo de confiança; janelas sobrepostas; regra de quatro gametas; snp; association study; confidence interval; haplotypes; four gamete rule; sliding-window
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/153363

Com o avanço dos estudos em genética e da tecnologia aplicada à genotipagem de marcadores moleculares, a identificação de polimorfismos associados às características de interesse econômico se tornou mais acessível, possibilitando a sua utilização aumentar a acurácia de modelos de predição do mérito genético dos animais. Esse avanço também possibilitou aumentar a acurácia dos estudos para identificação de QTLs para características de interesse econômico. Entretanto, os marcadores comumente utilizados para tal fim são os SNPs, que por serem bi-alélicos podem não ser muito eficientes na identificação dos QTLs. Os haplótipos, multi-alélicos, apresentam maior possibilidade de estarem em desequilíbrios de ligação (DL) com os QTLs. Dessa forma, objetivou-se no presente trabalho identificar o melhor método de construção de haplótipos para utilização em estudos de detecção de QTLs, a partir da comparação dos três métodos mais comumente utilizados para este fim. Foram utilizadas três populações simuladas representando características com três diferentes valores de herdabilidade, para as quais foram armazenados os dados fenotípicos, genotípicos e de pedigree dos 6.000 animais da população mais recente: Pop1 com herdabilidade baixa (0,10); Pop2 com herdabilidade moderada (0,25); e, Pop3 com herdabilidade alta (0,35). Os genomas simulados consistiram de 750.000 marcadores do tipo SNP, e 750 QTLs, com dois a quatro alelos, dispostos aleatoriamente em 29 cromossomos com tamanho total de 2.333 centimorgans (cM). A partir da simulação foram eliminados os SNPs cuja frequência do menor alelo foi menor que 0,1, restando 576.027, 577.189 e 576.675 marcadores para as populações Pop1, Pop2 e Pop3, respectivamente. A variação fenotípica foi de 1,0 e a variação dos QTLs foi de 50% das herdabilidades, para cada população. As médias dos DL para cada cromossomo, medidas pela estatística D', variaram de 0,20 até 0,30 para todas as populações, na última geração. Foram construídos haplótipos utilizando três métodos: Intervalo de Confiança (IC), Regra de Quatro Gametas (RQG) e Janelas Sobrepostas (JS). Para Pop1, no cromossomo 15, os métodos IC, RQG e JS identificaram cinco, oito e sete QTLs, respectivamente. Somente um QTL foi identificado nos cromossomos 19 e 29. Para a característica de herdabilidade alta, foi identificado um QTL no cromossomo 11. Em relação às análises de associação utilizando SNPs individuais, foram identificados quatro QTLs no cromossomo 15. Para a característica de herdabilidade moderada, não foram encontrados haplótipos ou SNPs isolados significativos. A metodologia de formação de haplótipos baseado na RQG foi considerada a mais eficiente para detecção de QTLs em relação aos métodos IC e JS, bem como ao uso dos SNPs isolados.