Busca e análise de lncRNA (long non-coding RNAs) importantes para a tolerância ao etanol em Saccharomyces cerevisiae

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Marques, Lucas Farinazzo
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: RNAs longos não-codificantes; Saccharomyces cerevisiae; Bioinformática; long non-coding RNAs; Bioinformatics
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/191041

A levedura Saccharomyces cerevisiae é o microrganismo mais utilizado para a produção de etanol devido a sua alta capacidade fermentativa e resistência aos estresses oriundos desse processo. Entretanto, a própria concentração de etanol é um dos fatores mais limitantes no processo de produção desse combustível. Os aspectos da genômica funcional relacionada à tolerância ao etanol são ainda pouco esclarecidos, e nem mesmo se sabe se os lncRNAs tem papel nesse processo. Poucos lncRNAs foram identificados em S. cerevisiae, e nem mesmo se conhece as redes lncRNAs-proteínas nessa espécie e nem se podem codificar micropeptídeos. Nesse contexto, este trabalho visa identificar lncRNAs em linhagens de S. cerevisiae com diferentes níveis de tolerância ao etanol. Para isso, foi realizado a montagem dos lncRNAs, predição de ligações lncRNA-proteínas, buscas de micropepetídeos, análises de conservação genômica, estrutural e funcional dos lncRNAs, avaliação da influência do lncRNAs em regular as expressões de seus vizinhos e comparação dos resultados entre linhagens mais e menos tolerantes ao etanol. As análises de enriquecimento ontológico apontam para uma relação próxima entre os lncRNAs e a tolerância ao etanol e uma conservação funcional, embora os dados não reportem nenhuma conservação nem genômica nem estrutural. Além disso, variados tipos de prováveis regulações foram sugeridas, sendo a regulação em trans majoritariamente inversa entre os lncRNAs e seus genes-alvo, diferentemente da maioria das regulações em cis. Esses dados, quando comparados com a literatura para diversas espécies, acaba confirmando a conservação funcional dos lncRNAs e o papel dessas moléculas não-codificantes como reguladores. Por fim, sugerimos que os lncRNAs estão agindo na superação do estresse causado pela alta concentração de etanol.