Caracterização do gene snDNA U4 em peixes da ordem Characiformes (Vertebrata: Teleostei)

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: Caron, Gustavo de Almeida [UNESP]
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: Genes U.; Bioinformática; Peixes neotropicais; Peixes de água doce; Characiformes; U genes; Bioinformatics; Neotropical fishes; Freshwater fish
• Link de acesso: https://hdl.handle.net/11449/256853

A enorme diversidade da biosfera terrestre se deve, em grande parte, à evolução do splicing, mecanismo molecular presente em todos os eucariotos que é responsável pela retirada dos íntrons para a produção do RNAm maduro. No centro da maquinaria molecular responsável por este processo, estão os pequenos RNAs nucleares (snRNAs), transcritos pelos genes Us, como os snDNAs U1, U2, U4, U5 e U6, que estão organizados em tandem nos genomas de eucariotos, onde cópias gênicas e espaçadoras são repetidas dezenas de vezes de maneira enfileirada. Até meados da década passada, a caracterização da organização de genes arranjados desta forma era bastante laboriosa, exigindo uma rotina de tecnologia do DNA recombinante para clonar e sequenciar unidades parciais destas sequências. Com o progresso e popularização de técnicas de sequenciamento massivo, em conjunto com o desenvolvimento de ferramentas bioinformáticas adequadas, a caracterização deste tipo de sequência em espécies não-modelo se tornou viável. Nesse sentido, o objetivo deste trabalho foi caracterizar as unidades repetidas em tandem do snDNA U4 em diferentes espécies de peixes Characiformes a partir de uma pipeline semiautomatizada, utilizando reads curtos brutos (2x100nt). A aplicação deste método permitiu a caracterização completa do snDNA U4 (região codificadora + espaçadora) para todas as espécies escolhidas. Os resultados revelaram que a região codificadora é bastante conservada entre espécies, enquanto a região espaçadora é muito variável, tanto em tamanho (de 664nt a 1464nt) quanto em composição. Do ponto de vista de variação intragenômica, é possível notar que mais de 90% dos polimorfismos estão localizados nas regiões espaçadoras, conforme era esperado pela teoria, uma vez que alterações nas regiões de transcrição geralmente são eliminadas pelo processo de seleção purificadora. Os resultados obtidos aqui indicam que pipelines apropriadas são excelentes alternativas à métodos de biologia molecular clássica, como clonagem e sequenciamento de Sanger.