Análise comparativa de métodos de determina¸cão de vias biológicas alteradas em dados toxicogenômicos de estudos in vitro e in vivo

• Ano de defesa: 2018
• Autor(a) principal: Sanches Seco, Giordano Bruno
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: Toxicogenômica; Bioinformática; Antineoplásicos
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/157078

A toxicogenômica é uma área de estudo que se utiliza de dados provindos de tecnologias das ciências ômicas e de metodologias de análise de dados da bioinformática para caracte- rizar perfis biológicos de compostos a fim realizar um estudo sobre seu comportamento no sistema biológico. Um dos problemas na análise de dados de expressão gênica é que existem diversas metodologias disponı́veis, cada uma aborda os dados brutos de maneira diferente e consequentemente fornecem resultados diferentes. Porém estes resultados não estão necessa- riamente errados, por essa razão abordar dados toxicogenômicos de diversas maneiras pode ajudar pesquisadores a tecer hipóteses sobre os mecanismos das drogas. Isso pode implicar em redução de custos na fase pré-clı́nica do desenvolvimento de medicamentos e numa melhor qualidade de tratamento para os pacientes. A abordagem mais comum na análise de dados de expressão gênica é o enriquecimento funcional dos genes que se mostrem diferencialmente expressos. Entretanto é possı́vel que informações relevantes possam ser obtidas utilizando métodos com outras considerações. Para avaliar esta hipótese o presente trabalho tem por objetivo analisar dados de expressão gênica disponı́veis em bases de dados on-line referentes a 3 drogas antineoplásicas testadas em fı́gado de Rattus norvergicus (estudos in vivo e in vi- tro) e Homo sapiens (estudo in vivo apenas) para avaliação de ontologias alteradas em cada droga. Duas metodologias de bioinformática foram utilizadas para análise desses dados. A tradicional análise de genes diferencialmente expressos (EFDEGs) e a análise de grupos de genes funcionalmente associados determinados pela entropia de shannon (AGFAGs). Para cada um dos três métodos foram testados três normalizações: RMA, MAS5, GCRMA. Os resultados sugerem que os 3 tipos de estudos tem pouca similaridade entre sı́ e a pouca que existe se limita, aos princı́pais mecanismos das drogas antineoplásicas como ciclo celular, apoptose, dano e reparo de DNA. Portanto não se pode afirmar ainda que um tipo de estudo possa substituir o outro. Também determinanos que resultados diferentes fornecidos pelas 2 metodologias para um mesmo caso podem não estar necessáriamente errados e algumas ve- zes podem ser complementares. A meta-análise desse trabalho não só mostrou similaridade e complementariedade entre os métodos como também encontrou lncRNAs potencialmente responsáveis com a regulação pós-transcricional em hepatócitos humanos. Isso evidencia a importância da prática de se utilizar dados previamente obtidos em analises exploratórias para confecção de hipóteses. Assim o uso de ambas as metodologias pode ter valor como ferramenta para análises exploratórias em dados biológicos disponı́veis.