Diversidade genética, estrutura populacional e mapeamento associativo em Coffea canephora

• Ano de defesa: 2011
• Autor(a) principal: Souza, Flávio de França
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de Viçosa; BR; Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me; Doutorado em Genética e Melhoramento; UFV
• Palavras-chave em Português: Café Robusta; Germoplasma; Desequilíbrio de ligação; Robusta coffee; Germplasm; Linkage disequilibrium; CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOTECNIA::MELHORAMENTO VEGETAL
• Link de acesso: http://locus.ufv.br/handle/123456789/1331

A seleção assistida por marcadores moleculares apresenta-se como uma técnica potencialmente capaz de auxiliar no melhoramento genético do café canéfora. No entanto, para aplicação dessa ferramenta é preciso que sejam identificados, com precisão, marcadores ligados aos fenótipos de interesse. Até o momento, a busca por esses marcadores tem sido feita por meio do mapeamento baseado na ligação genética, que inclui o desenvolvimento de populações controladas e apresenta baixa resolução. Recentemente, a metodologia de mapeamento associativo, baseada no desequilíbrio de ligação, surgiu como uma alternativa para obtenção de marcadores ligados, por meio do mapeamento de alta resolução em populações naturais. O presente trabalho teve como objetivo estudar a diversidade genética, a estrutura populacional e o desequilíbrio de ligação no germoplasma brasileiro de C. canephora, com vistas à implementação da técnica de mapeamento associativo. Foram utilizadas coleções de acessos representativos do germoplasma cultivado e conservado no Brasil, oriundos de quatro instituições de pesquisa, localizadas nos Estados de São Paulo, Espírito Santo, Minas Gerais e Rondônia. As avaliações fenotípicas foram realizadas na Estação Experimental da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), em Ouro Preto do Oeste (RO) e a genotipagem foi realizada no Laboratório de Biotecnologia do Cafeeiro (Biocafé), da Universidade Federal de Viçosa (MG). As análises preliminares de diversidade genética e estrutura populacional foram realizadas utilizando-se um conjunto de 20 microssatélites. Posteriormente, a coleção de acessos com maior diversidade, menor estruturação e menor quantidade de indivíduos aparentados foram genotipadas com 77 microssatélites. Avaliaram-se o desequilíbrio de ligação e a existência de associações entre os marcadores moleculares e algumas características fenotípicas de interesse para o melhoramento da espécie. O germoplasma estudado apresentou diversidade genética expressiva. Observou-se forte estruturação, principalmente, devido a processos evolutivos anteriores a domesticação da espécie. Indícios de sub estruturação promovidos por eventos recentes também foram constatados. Os grupos varietais Robusta e Conilon apresentaram-se bastante diferenciados. No grupo Conilon, significativa diferenciação foi observada entre as amostras de Rondônia e do Espírito Santo. Na maioria das populações estudadas, o desequilíbrio de ligação foi baixo. Evidências de associação entre alguns microssatélites e caracteres fenotípicos foram obtidas. Desse modo, este estudo possibilitou um maior conhecimento sobre o germoplasma brasileiro de café canéfora, fornecendo, a melhoristas e curadores de bancos de germoplasma, subsídios para aumento da eficiência na condução dos programas de melhoramento e no manejo dos recursos genéticos da espécie, bem como apresenta considerações importantes a respeito do potencial de uso do mapeamento associativo nesse germoplasma.