Identificação e validação de seqüências expressas em tecido muscular de suínos

• Ano de defesa: 2007
• Autor(a) principal: Peixoto, Jane de Oliveira
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso embargado
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de Viçosa; BR; Genética e Melhoramento de Animais Domésticos; Nutrição e Alimentação Animal; Pastagens e Forragicul; Doutorado em Zootecnia; UFV
• Palavras-chave em Português: Expressão gênica; ESTs; Suíno; Gene expression; Swine; CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA::GENETICA E MELHORAMENTO DOS ANIMAIS DOMESTICOS
• Link de acesso: http://locus.ufv.br/handle/123456789/1896

O estudo das seqüências expressas é um passo fundamental para se conhecer e compreender a arquitetura genética que controla as características quantitativas. Dessa forma, nesse estudo geraram-se etiquetas de seqüências expressas (ESTs) no tecido muscular de suínos das raças Large White e Piau, estas foram comparadas com seqüências depositadas em bancos de dados públicos e identificaram-se ESTs diferencialmente expressas entre ambas as bibliotecas. No intuito de identificar genes expressos na musculatura, foram construídas duas bibliotecas de cDNA a partir do músculo semimembranosus de animais adultos (180 dias) das raças Large White e Piau. Um total de 4.123 ESTs foi seqüenciado a partir das extremidades 5 e 3 , em ambas as bibliotecas. Após a análise de qualidade, 1030 seqüências foram validadas segundo os parâmetros estabelecidos para análises posteriores. Desse total, 675 ESTs pertenciam à biblioteca Large White e 355 ESTs pertenciam à biblioteca Piau. As ESTs validadas apresentaram tamanho médio de 494,76 pb. As seqüências foram então submetidas à análise de agrupamento pelo programa CAP3 resultando em 130 seqüências (11,80%) que puderam ser agrupadas em contigs e 900 ESTs (88,20%) se apresentaram como seqüências únicas. As seqüências foram comparadas com bancos de dados de nucleotídeos e proteínas, resultando em 333 seqüências (31,54%) homólogas e 697 seqüências (68,46%) sem homologia. Um total de 255 ESTs (24,30%) foi submetido à anotação gênica segundo as normas do consórcio Gene Ontology. Dessa forma, as ESTs foram classificadas quanto à função molecular, ao componente celular e ao processo biológico no qual estavam envolvidas. Foram identificadas seqüências diferencialmente expressas entre as bibliotecas de cDNA analisadas. Grande parte das seqüências expressas representa genes previamente não identificados em tecido muscular de suínos.